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Neue Publikation am ILIM (Mitarbeiterin hervorgehoben)/new publication at ILIM (staff member in bold):
Blasco-Costa I., Seppälä K., Feijen F., Zajac N., Klappert K., Jokela J. (2019). A new species of Atriophallophorus Deblock & Rosé, 1964 (Trematoda: Microphallidae) described from in vitro-grown adults and metacercariae from Potamopyrgus antipodarum (Gray, 1843)(Mollusca: Tateidae), Journal of Helminthology 94:1-15,

The adult and metacercaria life stages of a new species of the microphallid genus Atriophallophorus Deblock & Rosé, 1964 are described from specimens collected at Lake Alexandrina (South Island, New Zealand). In addition to molecular analyses of ribosomal and mitochondrial genes, metacercariae of Atriophallophorus winterbourni n. sp. from the snail host Potamopyrgus antipodarum (Gray) were grown in vitro to characterize internal and external morphology of adults using light and scanning electron microscopy and histological techniques. Atriophallophorus winterbourni n. sp. is readily distinguishable from Atriophallophorus coxiellae Smith, 1973 by having a different structure of the prostatic chamber, sub-circular and dorsal to genital atrium, rather than cylindrical, fibrous, elongate and placed between the seminal vesicle and the genital atrium. The new species is most similar to Atriophallophorus minutus (Price, 1934) with regards to the prostatic chamber and the morphometric data, but possesses elongate-oval testes and subtriangular ovary rather than oval and transversely oval in A. minutus. Phylogenetic analyses including sequence data for A. winterbourni n. sp. suggested a congeneric relationship of the new species to a hitherto undescribed metacercariae reported from Australia, both forming a strongly supported clade closely related to Microphallus and Levinseniella. In addition, we provide an amended diagnosis of Atriophallophorus to accommodate the new species and confirm the sinistral interruption of the outer rim of the ventral sucker caused by the protrusion of the dextral parietal atrial scale at the base of the phallus.

Freie Stelle als Technische/Technischer MitarbeiterIn mit geeigneter Spezialisierung im Bereich Mechanik am Forschungsinstitut für Limnologie, Mondsee (OÖ)

VwGr IIIa, Vollzeit, ehest möglich



  • Reparaturen, Wartungen, Adaptierungen und Bau von wissenschaftlichen Geräten, Maschinen und Werkzeugen
  • Wartung und Instandhaltung der Forschungsboote und Dienstfahrzeuge
  • Gewässerbeprobungen
  • Unterstützung bei der Betreuung und Wartung der Haustechnik
  • Mitarbeit bei der Inventarerfassung
  • Administrative Tätigkeiten


Erforderliche Qualifikation:

  • Ausbildung im Bereich Mechanik mit geeigneter Spezialisierung, z. B. LandmaschinenmechanikerIn (HTL, Fachschule oder abgeschlossene Lehre mit Zusatzqualifikation)
  • Handwerkliche Kompetenz
  • Führerschein Kat. B
  • Bootsführerpatent erwünscht
  • Fähigkeit zum selbständigen Arbeiten und zur Teamarbeit, Flexibilität, Kommunikationsfähigkeit
  • EDV-Kenntnisse, Englischkenntnisse


Mindestentgelt lt. KV brutto: € 2.062,00/Monat (14x)

Nähere Informationen und den rechtsverbindlichen Ausschreibungstext finden Sie unter: www.,
Chiffre BIO-10982.

Wir freuen uns auf Ihre Online-Bewerbung bis 15.01.2020

online seit, 04.12.2019

EcoToxicoMic Webinar - Teofana Chonova


Am Mittwoch, 4.12.2019 (1:30 pm, Paris Zeitzone) gibt es die Möglichkeit unsere ehemalige Dissertantin Teofana Chonova beim Webinar zu folgen. Sie hat ihre Doktorarbeit "Pharmaceuticals in freshwater environments and their effect on microbial biofilm communities" an der Universität Innsbruck, in der FG Kurmayer am Mondsee abgeschlossen und wurde zusätzlich von A. Bouchez (INRA UMR CARRTEL, France) betreut.

 Abstract and Details

Webinar Registrierung

online, seit 3.12.2019

SERVUS TV berichtet von Nanopartikelprojekt am Mondsee


Aufnahmen eines Servus TV Teams am Mondsee, Foto: S. Wanzenböck


Am Dienstag, 19.11.2019 berichtete Servus TV von einer Publikation, die im Nanopartikelprojekt FENOMENO im Rahmen der Doktorarbeit von Roland Vogt (Betreuung J. Wanzenböck und D. Lamatsch) erschienen ist. Der Beitrag kann unter abgerufen werden.

Neue Publikation am ILIM (Mitarbeiterin hervorgehoben)/new publication at ILIM (staff member in bold):

Stelzer C.-P., Pichler M., Stadler P., Hatheuer A., Riss S. (2019): Within-population genome size variation is mediated by multiple genomic elements that segregate independently during meiosis. Genome Biology and Evolution, evz253,


Brachionus, credit: C.-P. Stelzer, ILIM

Within-species variation in genome size has been documented in many animals and plants. Despite its importance for understanding eukaryotic genome diversity, there is only sparse knowledge about how individual-level processes mediate genome size variation in populations. Here we study a natural population of the rotifer Brachionus asplanchnoidis whose members differ up to 1.9-fold in diploid genome size, but were still able to interbreed and produce viable offspring. We show that genome size is highly heritable and can be artificially selected up or down, but not below a certain basal diploid genome size for this species. Analyses of segregation patterns in haploid males reveal that large genomic elements (several megabases in size) provide the substrate of genome size variation. These elements, and their segregation patterns, explain the generation of new genome size variants, the short-term evolutionary potential of genome size change in populations, and some seemingly paradoxical patterns, like an increase in genome size variation among highly inbred lines. Our study suggests that a conceptual model involving only two variables, (1) a basal genome size of the population, and (2) a vector containing information on additional elements that may increase genome size in this population (size, number, and meiotic segregation behaviour), can effectively address most scenarios of short-term evolutionary change of genome size in a population.

Neue Publikation am ILIM (Mitarbeiterin hervorgehoben)/new publication at ILIM (staff member in bold):

Ma T., Jiang Y., Elbehery A. H. A., Blank S., Kurmayer R., Deng L. (online first). Resilience of planktonic bacterial community structure in response to short-term weather deterioration during the growing season in an alpine lake. Hydrobiologia doi:10.1007/s10750-019-04118-8.

The disturbing effect of a short-term cooling period during summer on planktonic bacterial community structure of an alpine lake was investigated using 16S rDNA pyrosequencing. Proteobacteria, Actinobacteria, and Bacteroidetes constituted the most abundant phyla. During the sampling period (from July to August 2010), a sudden cooling period with high precipitation occurred, as indicated by a decrease in conductivity, calcium, and dissolved organic carbon concentration resulting from increased runoff. The relative abundance of Actinobacteria, Betaproteobacteria, and Cyanobacteria decreased during this short-term cooling period. Instead, a rapid shift from Betaproteobacteria to Gammaproteobacteria occurred, which was mainly caused by an increase of Acinetobacter rhizosphaerae. Soon after the short-term cooling period, warmer weather conditions got re-established and Betaproteobacteria recovered and became again dominant. Non-metric multi-dimensional scaling analysis and Venn diagrams revealed a planktonic bacterial community composition with high similarity at the beginning and the end of the growing season. Air temperature and precipitation were significantly correlated with the observed variation in operational taxonomic unit (OTU) relative abundance. It is concluded that, in response to the short-term cooling period, a distinct planktonic bacterial OTU community developed. It rapidly diminished, however, as summer conditions became re-established, implying the recovery of the original bacterial community structure.

The data were collected within the project DETECTIVE (Decadal Detection of Biodiversity in Alpine Lakes) which was funded by the Nationalkomitee Alpenforschung of the Austrian Academy of Sciences.

Neue Publikation am ILIM (Mitarbeiterin hervorgehoben)/new publication at ILIM (staff member in bold):

Kottler V.A.,  Feron R., Nanda I., Klopp C., Du K., Kneitz S., Helmprobst F., Lamatsch D.K.,  Lopez-Roques C., Lluch J.,  Journot L., Parrinello H., Guiguen Y., Schartl M. (online first). Independent Origin of XY and ZW Sex Determination Mechanisms in Mosquitofish Sister Species, Genetics


Gambusia female, credit: M. Pichler, ILIM

Fish are known for the outstanding variety of their sex determination mechanisms and sex chromosome systems. The western (Gambusia affinis) and eastern mosquitofish (G. holbrooki) are sister species for which different sex determination mechanisms have been described: ZZ/ZW for G. affinis and XX/XY for G. holbrooki. Here, we carried out restriction-site associated DNA (RAD-) and pool sequencing (Pool-seq) to characterize the sex chromosomes of both species. We found that the ZW chromosomes of G. affinis females and the XY chromosomes of G. holbrooki males correspond to different linkage groups and thus evolved independently from separate autosomes. In interspecific hybrids, the Y chromosome is dominant over the W chromosome, and X is dominant over Z. In G. holbrooki, we identified a candidate region for the Y-linked melanic pigmentation locus, a rare male phenotype that constitutes a potentially sexually antagonistic trait and is associated with other such characteristics, e.g., large body size and aggressive behavior. We developed a SNP-based marker in the Y-linked allele of GIPC PDZ domain containing family member 1 (gipc1), which was linked to melanism in all tested G. holbrooki populations. This locus represents an example for a color locus that is located in close proximity to a putative sex determiner and most likely substantially contributed to the evolution of the Y.

Neue Publikation am ILIM (Mitarbeiter hervorgehoben)/new publication at ILIM (staff members bold):

Thalinger B., Wolf E., Traugott M., Wanzenböck J. (2019). Monitoring spawning migrations of potamodromous fish species via eDNA, Scientific Reports 9: 15388 doi: 10.1038/s41598-019-51398-0


Alburnus mento (Danube bleak), credit: E. Wolf

Potamodromous fish are considered important indicators of habitat connectivity in freshwater ecosystems, but they are globally threatened by anthropogenic impacts. Hence, non-invasive techniques are necessary for monitoring during spawning migrations. The use of environmental DNA (eDNA) potentially facilitates these efforts, albeit quantitative examinations of spawning migrations remain so far mostly uncharted. Here, we investigated spawning migrations of Danube bleak, Alburnus mento, and Vimba bream, Vimba vimba, and found a strong correlation between daily visual fish counts and downstream eDNA signals obtained from filtered water samples analysed with digital PCR and end-point PCR coupled with capillary electrophoresis. By accounting for daily discharge fluctuations, it was possible to predict eDNA signal strength from the number of migrating fish: first, the whole spawning reach was taken into account. Second, the model was validated using eDNA signals and fish counts obtained from the upper half of the examined river stretch. Consequently, fish counts and their day-to-day changes could be described via an eDNA-based time series model for the whole migration period. Our findings highlight the capability of eDNA beyond delivering simple presence/absence data towards efficient and informative monitoring of highly dynamic aquatic processes such as spawning migrations of potamodromous fish species.


SIL-Austria Fachtagung in Mondsee

 Ruttner Preis 2019 SIL-Austria logo

Ruttnerpreisträger 2019 Teofana Chonova (links, Univ. Innsbruck, PhD) und Lukas Fuxjäger (rechts, Univ. Wien, MSc) mit Martin Kainz (SIL-Austria), Foto: S. Wanzenböck, ILIM

Die SIL-Austria Tagung fand heuer im Anschluss an eine Podiumsdiskussion zum Thema "Bedeutung von Wasser und Gewässern in den Alpen in Zeiten des Klimawandels" in Mondsee statt (siehe Meldung unten). Mehr als 50 TeilnehmerInnen, bestehend aus SIL-Austria Mitgliedern und Personen aus Forschung und öffentlichen Stellen aus Österreich und den angrenzenden Ländern, trafen sich zwischen 28. und 30. Oktober 2019 zum Austausch von aktuellen Forschungsergebnissen und zur Diskussion über relevante Themen zum diesjährigen Motto "Wasser und Klimawandel - aktueller Informationsstand und künftige Herausforderungen". Neben Fachvorträgen und Posterpräsentationen wurde auch der Ruttner Preis 2019 an Teofana Chonova für ihre PhD-Publikation in Frontiers in Microbiology (Betreuung: R. Kurmayer, ILIM Universität Innsbruck) und Lukas Fuxjäger für seine MSc-Publikation in Philosophical Transactions of the Royal Society B (Betreuung: L. Sharma, Alfred Wegener Institut Sylt & H. Ahnelt, Universität Wien) verliehen. Wir gratulieren sehr herzlich!

Bildergalerie der Tagung

online seit 5.11.2019

Expertenpodium diskutierte mit der interessierten Bevölkerung in Mondsee über Wasser und Klimawandel

Podiumsdiskussion SIL-Austria Mondsee 2019-1 Podiumsdiskussion SIL-Austria Mondsee 2019-2

Bilder von der Podiumsdiskussion im Schloss Mondsee, Foto: S. Wanzenböck, ILIM

Am Sonntag, 27.10.2019, fand im Festsaal des Schlosses Mondsee die Podiumsdiskussion "Bedeutung von Wasser und Gewässern in den Alpen in Zeiten des Klimawandels" statt. Fünf Experten diskutierten darüber, welche Auswirkungen zunehmende Temperaturen und Trockenheit auf verschiedene Bereiche wie Landwirtschaft (DI Dr. Nikolaus Lienbacher, MBA, Landwirtschaftskammer Salzburg), Trinkwasserversorgung (HR Dipl.-Ing. Christian Kneidinger, Landesregierung OÖ), Hygiene/Gesundheit (Univ. Prof. Dr. Andreas Farnleitner, Karl Landsteiner Privatuniversität für Gesundheitswissenschaften), Gewässerökosysteme/Limnologie (Univ.-Prof. Dr. Roland Psenner, Universität Innsbruck/Präsident der EURAC) und das Klima (Univ.-Prof. Dr. Wolfgang Schöner, Universität Graz) haben. Die Diskussion der Fachleute wurde vom ORF-Profi und Meteorologen Andreas Jäger moderiert. Die Veranstaltung fand im Rahmen des 350 Jahr Jubiläums der Universität Innsbruck unter Organisation des Forschungsinstituts für Limnologie, Mondsee und der SIL-Austria statt. Finanziell wurde die Veranstaltung vom Vizerektorat für Forschung der Universität Innsbruck unterstützt.

online seit 4.11.2019

Podiumsdiskussion zum Thema Wasser im Schloss Mondsee

 Podiumsdiskussion SIL-Austria

Kommenden Sonntag, 27.10.2019 zwischen 16:00 und 18:30 Uhr, findet im Festsaal des Schlosses Mondsee, Schlosshof 8, 5310 Mondsee, die Podiumsdiskussion "Bedeutung von Wasser und Gewässern in den Alpen in Zeiten des Klimawandels" statt. Experten aus Gewässerforschung, Meteorologie, Landwirtschaft, Gesundheit und Trinkwasser werden mit dem Publikum diskutieren. Moderiert wird die Veranstaltung vom ORF-Profi und Meteorologen Andreas Jäger. Der Eintritt ist frei!

Die Podiumsdiskussion versteht sich als Startschuss zur SIL-Austria Tagung, die ab Montag, 28.10. bis Mittwoch 30.10.2019 in  Mondsee stattfinden wird. Dort treffen sich Mitglieder des Vereins österreichischer LimnologInnen und VertreterInnen aus Ämtern, Wirtschaft, Wissenschaft und anderen themennahen Institutionen aus ganz Österreich um sich über die neuesten Forschungsergebnisse im Bereich Limnologie und Gewässerforschung auszutauschen.

Beide Veranstaltungen werden von SIL-Austria und dem Forschungsinstitut für Limnologie, Mondsee/Universität Innsbruck organisiert und finden im Rahmen des 350 Jubiläums der Universität Innsbruck statt. Die Universität Innsbruck unterstützt die Veranstaltungen auch finanziell.

online seit 23.10.2019

Best paper- award für Mondseer Doktorandin

TC best paper award 2019

Die Preisträgerin, dritte von links mit der VR für Forschung U. Tanzer, links außen, und dem VR für Lehre B. Fügenschuh, rechts außen, Foto: privat

Im Rahmen der Ehrungen im Rahmen der Festwoche „350 Jahre Universität Innsbruck“ wurden  hervorragende Leistungen von jungen Nachwuchsforscherinnen und -forschern gewürdigt. Teofona Chonova erhielt den „LFUI Best Student Paper Award 2019“ für ihre Publikation

Chonova T., Kurmayer R., Rimet F., Labanowski J., Vasselon V., Keck F., Illmer P., Bouchez A. (2019). Benthic Diatom Communities in an Alpine River Impacted by Waste Water Treatment Effluents as Revealed Using DNA Metabarcoding, Frontiers in Microbiology, 10:653. doi: 10.3389/fmicb.2019.00653.


Freshwater ecosystems are continuously affected by anthropogenic pressure. One of the main sources of contamination comes from wastewater treatment plant (WWTP) effluents that contain wide range of micro- and macropollutants. Chemical composition, toxicity levels and impact of treated effluents (TEs) on the recipient aquatic ecosystems may strongly differ depending on the wastewater origin. Compared to urban TEs, hospital ones may contain more active pharmaceutical substances. Benthic diatoms are relevant ecological indicators because of their high species and ecological diversity and rapid response to human pressure. They are routinely used for water quality monitoring. However, there is a knowledge gap on diatom communities’ development and behavior in treated wastewater in relation to prevailing micro- and macropollutants. In this study, we aim to (1) investigate the response of diatom communities to urban and hospital TEs, and (2) evaluate TEs effect on communities in the recipient river. Environmental biofilms were colonized in TEs and the recipient river up- and downstream from the WWTP output to study benthic diatoms using DNA metabarcoding combined with high-throughput sequencing (HTS). In parallel, concentrations of nutrients, pharmaceuticals and seasonal conditions were recorded. Diatom metabarcoding showed that benthic communities differed strongly in their diversity and structure depending on the habitat. TE sites were generally dominated by few genera with polysaprobic preferences belonging to the motile guild, while river sites favored diverse communities from oligotrophic and oligosaprobic groups. Seasonal changes were visible to lower extent. To categorize parameters important for diatom changes we performed redundancy analysis which suggested that communities within TE sites were associated to higher concentrations of beta-blockers and non-steroidal anti-inflammatory drugs in urban effluents vs. antibiotics and orthophosphate in hospital effluents. Furthermore, indicator species analysis showed that 27% of OTUs detected in river downstream communities were indicator for urban or hospital TE sites and were absent in the river upstream. Finally, biological diatom index (BDI) calculated to evaluate the ecological status of the recipient river suggested water quality decrease linked to the release of TEs. Thus, in-depth assessment of diatom community composition using DNA metabarcoding is proposed as a promising technique to highlight the disturbing effect of pollutants in Alpine rivers.

Die Arbeit entstand im Rahmen ihrer vor kurzem abgeschlossenen Dissertation in der Forschungsgruppe von Rainer Kurmayer und wurde das COST-Programm (European Cooperation in Science and Technology), den Frankreich-Schwerpunkt (University of Innsbruck) und aus Mitteln des EU co-finanzierten Projekts Interreg Alpine Space “Eco-AlpsWater” finanziert.
Wir gratulieren!


Workshoptag mit Stationsbetrieb

Exkursion-AHS Baden_2019

Demonstration im Molekularlabor während des SchülerInnenworkshops, Foto: A. Olgun

40 SchülerInnen des BG & BRG Baden besuchten am Donnerstag, 10.10.2019, das Forschungsinstitut für Limnologie am Ende ihrer Exkursionswoche, die sie im Vorfeld schon an die TU München und ins Deutsche Museum geführt hatte.

In drei Stationen am Forschungsinstitut und einer Führung im Reinhaltungsverein Mondsee-Irrsee durchliefen die SchülerInnen ein abwechslungsreiches Programm zu den Themen Ökosystem See, Genetik und mikroskopische Vielfalt von Einzellern. In einem interaktiven Vortrag erfuhren die SchülerInnen die Entstehungsgeschichte der Seen im Salzkammergut, limnologische Grundlagen, und welchen Gefahren das Ökosystem See ausgesetzt ist. Außerdem wurde über die Verfügbarkeit von Wasser weltweit und die möglichen Krisen in Bezug auf Trinkwasser aufgeklärt. Im Labor konnten die SchülerInnen DNA extrahieren und lernten, wie man die Erbsubstanz mittels PCR vervielfachen kann. Unter dem Mikroskop konnten sie die Vielfalt der Einzeller im See selbst untersuchen. Im Rahmen einer abschließenden Institutsführung wurde noch Hintergrundinfomation zur aktuellen Forschungsarbeit vermittelt.

Link zur Schulhomepage mit Bericht des Forschugnsworkshops am Mondsee

online seit 11.10.2019

Erfolgreicher PhD Abschluss

defensio JB

Julie Blommaert nach erfolgreichem PhD Abschluss in Mondsee, Foto: ILIM

Am 9.10.2019 verteidigte Julie Blommaert ihre Doktorarbeit mit dem Titel "Mechanisms and significance of genome size variation in rotifers" sehr erfolgreich am Forschungsinstitut für Limnologie. Julie bewarb sich aus Neuseeland für die PhD Position im FWF Projekt "Mechanisms and significance of genome size variation in rotifers" FWF P26256 bei ihrem Betreuer Claus-Peter Stelzer.

In ihrer Doktorarbeit untersuchte sie die Genomgrößenunterschiede des Rädertiers Brachionus plicatilis. Die in dieser Arbeit charakterisierten Mechanismen der innerartlichen Genomgrößenvariation bilden die Grundlage für zukünftige Untersuchungen zu den evolutionären Folgen solcher Genomgrößen-Veränderungen sowie Fragen zu Umweltwechselwirkungen mit der Genomgröße und mögliche Auswirkungen auf "life-history" Merkmale.

Bereits vor dem Abschluss ihrer PhD bekam Julie Blommaert eine Zusage der Universität Uppsala in Schweden um eine Stelle als PostDoc anzutreten.

Wir gratulieren sehr herzlich!

online seit 11.10.2019

Neue Publikationen am ILIM (Mitarbeiter hervorgehoben)/new publications at ILIM (staff members bold):

Pjeta R., Wunderer J., Bertemes P., Hofer T., Salvenmoser W., Lengerer B.; Coassin S., Erhart G, Beisel C., Sobral D., Kremser L., Lindner H, Curini-Galletti M., Stelzer C.P. , Hess M.W., Ladurner P. (2019). Temporary adhesion of the proseriate flatworm Minona ileanae. Phil. Trans. R. Soc. B  374:1784. doi/org/10.1098/rstb.2019.0194


Flatworms can very rapidly attach to and detach from many substrates. In the presented work, we analysed the adhesive system of the marine proseriate flatworm Minona ileanae. We used light-, scanning- and transmission electron microscopy to analyse the morphology of the adhesive organs, which are located at the ventral side of the tail-plate. We performed transcriptome sequencing and differential RNA-seq for the identification of tail-specific transcripts. Using in situ hybridization expression screening, we identified nine transcripts that were expressed in the cells of the adhesive organs. Knock-down of five of these transcripts by RNA interference led to a reduction of the animal's attachment capacity. Adhesive proteins in footprints were confirmed using mass spectrometry and antibody staining. Additionally, lectin labelling of footprints revealed the presence of several sugar moieties. Furthermore, we determined a genome size of about 560 Mb for M. ileanae. We demonstrated the potential of Oxford Nanopore sequencing of genomic DNA as a cost-effective tool for identifying the number of repeats within an adhesive protein and for combining transcripts that were fragments of larger genes. A better understanding of the molecules involved in flatworm bioadhesion can pave the way towards developing innovative glues with reversible adhesive properties.

The project is supported by the Austrian Science Fund (FWF): [P 30347, J 4071], the University of Innsbruck (R.P., J.W., B.L., P.B.), the Autonome Provinz Bozen (J.W.), the Austrian Academy of Sciences ÖAW (B.L.), the Tyrolian Science Fund TWF (R.P., J.W.), and the COST Actions TD0906 and CA15216 (European Network of Bioadhesion Expertise, ENBA).


Salo T., Kropf T., Burdon F.J., Seppälä O. (online first). Diurnal variation around an optimum and near-critically high temperature does not alter the performance of an ecothermic aquatic grazer, Ecology and Evolution, doi: 10.1002/ece3.5666

 The growing threat of global climate change has led to a profusion of studies examining the effects of warming on biota. Despite the potential importance of natural variability such as diurnal temperature fluctuations, most experimental studies on warming are conducted under stable temperatures. Here, we investigated whether the responses of an aquatic invertebrate grazer (Lymnaea stagnalis) to an increased average temperature differ when the thermal regime is either constant or fluctuates diurnally. Using thermal response curves for several life‐history and immune defense traits, we first identified the optimum and near‐critically high temperatures that Lymnaea potentially experience during summer heat waves. We then exposed individuals that originated from three different populations to these two temperatures under constant or fluctuating thermal conditions. After 7 days, we assessed growth, reproduction, and two immune parameters (phenoloxidase‐like activity and antibacterial activity of hemolymph) from each individual. Exposure to the near‐critically high temperature led to increased growth rates and decreased antibacterial activity of hemolymph compared to the optimum temperature, whilst temperature fluctuations had no effect on these traits. The results indicate that the temperature level per se, rather than the variability in temperature was the main driver altering trait responses in our study species. Forecasting responses in temperature‐related responses remains challenging, due to system‐specific properties that can include intraspecific variation. However, our study indicates that experiments examining the effects of warming using constant temperatures can give similar predictions as studies with fluctuating thermal dynamics, and may thus be useful indicators of responses in nature.

The study was funded by Eawag discretionary funds.

Verborgene Welt entdecken

Newsroom-Artikel auf der Webseite der Universität Innsbruck zum Sparkling Science Projekt "Verborgene Welt der Bakterien" ist online abrufbar

Sparkling Science-1

Probenahme zur Gewinnung von Gewässerproben für die Isolierung neuer Bakterienarten, Foto: A. Pitt, ILIM

Die kleinsten Lebewesen haben einen großen Einfluss auf unsere Umwelt, sind aber noch wenig erforscht. Schülerinnen und Schüler sind im Rahmen eines „Sparkling Science“-Projektes gemeinsam mit Mitarbeiterinnen und Mitarbeitern des Forschungsinstituts für Limnologie in Mondsee der Artenvielfalt von Bakterien in heimischen Gewässern auf der Spur.

online seit 25.09.2019

Neue Publikation am ILIM (Mitarbeiter hervorgehoben)/new publication at ILIM (staff members in bold):

Pitt A., Schmidt J., Koll U., Hahn M.W. (online first). Rhodoluna limnophila sp. nov., a bacterium with 1.4 Mbp genome size isolated from freshwater habitats located in Salzburg, Austria. Int J Syst Evol Microbiol

Three actinobacterial strains, 27D-LEPIT, 1B-Mac and 36A-HELLB, were isolated from small standing and running freshwater habitats located in Salzburg, Austria. Phylogenetic reconstructions based on 16S rRNA gene sequences and genome based on concatenated amino acid sequences of 119 single-copy genes referred the three strains within the family to the genus . The strains showed 100 % 16S rRNA gene sequence similarities to the previously described Rhodoluna limnophila. Cells were very small, approximately 0.5×0.3 µm, and showed a red pigmentation in liquid nutrient broth–soyotone–yeast extract medium as well as on agar plates. The strains assimilated a broad variety of substrates; however, the patterns differed a great deal between the three investigated strains. For strain 27D-LEPIT, the major fatty acids were iso-C and anteiso-C; the identified polar lipids were phosphatidylglycerol and diphosphatidylglycerol; the major respiratory quinone was MK-11; and analysis of the peptidoglycan structure indicated the presence of type B2β (typeB10). The genomic DNA of the three strains was very small (1.4 Mbp) and had a DNA G+C content of 54 mol%. The investigated traits suggested that strains 36A-HELLB (=DSM 107805=JCM 32927), 1B-Mac (=DSM 107802=JCM 32925) and 27D-LEPIT (=JCM 32926T =DSM 107804T) represent a new species for which the name sp. nov. is proposed, with strain 27D-LEPIT as the type strain.

This study was supported by ‘Sparkling Science’ project SPA 06/065 funded by the Austrian Federal Ministry of Education, Science and Research (BMBWF) and the program ‘Talente’ of the Austrian Research Promotion Agency (FFG).


Genomevolution 2019

TeilnehmerInnen am Genomevolutionskurs in Mondsee mit Lehrenden, Foto: S. Wanzenböck, ILIM

Genomevolution am Mondsee

Am 20.09.2019 endete das Wahlmodul "Genomevolution", das am Forschunginstitut für Limnologie in Mondsee seit 9.9.2019 stattfand. Das im BSc Studium "Biologie" durchgeführte Modul kann mit 7,5 ECTS angerechnet werden und führte die Studierenden in das Fachgebiet der Genomevolution mit
Vorlesungen zur Einführung in Genomevolution (2 SWS) – theoretischer Hintergrund (Genomevolution bei Pro- und Eukaryoten, Genomgrößenevolution, Polyploidie, etc.)
und Übungen zur Durchführung von (computergestützten) Analysen (3SWS) – Einführung in das Arbeiten mit Sequenz- und Genomdaten, vergleichende Genomanalysen, Durchflußzytometrie, etc. ein.
Martin Hahn, Dunja Lamatsch und Claus-Peter Stelzer unterrichteten die Studierenden im Kurs.
Die Studierenden waren kostenlos in den Gästezimmern des Institutsgebäudes direkt am Ufer des Mondsees untergebracht.

online seit 23.09.2019

Protisten rocken


...Christian Spanner hat das in seiner, heute am Mondsee ausgezeichnet verteidigten Masterarbeit, mit dem Titel "Endosymbiotische Süßwasseralgen und ihr Ciliaten-Wirt Paramecium bursaria: Morphologie, Phylogenie und Ökologie", bewiesen. Seine MSc-Thesis wurde im Rahmen des FWF Projekts "Freshwater endosymbiotic algae and their ciliate hosts: morphology, phylogeny, ecology - Ciliates and their algal symbionts" FWF P 28333 von Thomas Pröschold und Bettina Sonntag betreut.

Im Bild von links nach rechts: Vorsitzender Josef Wanzenböck, Christian Spanner, Betreuer und Prüfer Thomas Pröschold, Prüferin Dunja Lamatsch. Die Defensio fand am Forschungsinstitut für Limnologie in Mondsee statt. Credit: S. Wanzenböck, ILIM

Wir gratulieren dem neuen Master of Science!

online seit 18.9.2019

Neue Publikation am ILIM (Mitarbeiter hervorgehoben)/new publication at ILIM (staff members in bold):

Vogt R., Mozhayeva D., Steinhoff B., Schardt A., Spelz B. T. F., Philippe A., Kurtz S., Schaumann G. E., Engelhard C., Schönherr C., Lamatsch D.K., Wanzenböck, J. (2019). Spatiotemporal distribution of silver and silver-containing nanoparticles in a prealpine lake in relation to the discharge from a wastewater treatment plant, Science of the Total Environment 696:134034 PDF

Over two years we assessed silver-containing nanoparticles (SCN) and total silver in the in- and effluent of a waste water treatment plant (WWTP) discharging purified wastewater into a lake. Additionally, total silver was measured in sludge of the WWTP and in water, sediment, and fish of the receiving lake at several points with varying distance to the discharge point and compared to a reference lake. We used a novel single particle inductively coupled plasma mass spectrometry (SP-ICP-MS, with microsecond time resolution) protocol to detect SCN in environmental samples in addition to total elemental analysis by ICP-MS/OES (optical emission spectrometry), and histological analysis by dark-field microscopy. Total silver was below the limit of quantification in the WWTP influent and effluent, and in lake water and fishes, except for one influent sample. However, comparably high silver concentrations were detected in the sludge, irrespective of the season, indicating accumulation of silver. Furthermore, SP-ICP-MS analysis of influent samples confirmed the presence of SCN. Despite the high removal efficiency of silver and SCN from the wastewater, high silver concentrations were measured in the sediment near the discharge point, suggesting a constant silver input into the lake. Silver and SCN levels were lower than concentrations leading to adverse effects in recently published toxicological studies, thus the investigated lake ecosystem is currently not at risk.

Neue Publikation am ILIM/new publication at ILIM:

Carrea L., Woolway R. I., Merchant C. J., Dokulil M. T., de Eyto E., DeGasperi C. L., Korhonen J., Marszelewski W., May L., Paterson A. M., Rusak J. A., Schladow S. G., Schmid M., Verburg P., Watanabe S., Weyhenmeyer G. A. (2019). Lake surface temperature [in “State of the Climate in 2018”]. Bull. Amer. Meteor. Soc., 100 (9), S13–S16, doi:10.1175/2019BAMSStateoftheClimate.1.

State of the Climate

The report, compiled by NOAA’s National Centers for Environmental Information, is based on contributions from scientists from around the world. It provides a detailed update on global climate indicators, notable weather events, and other data collected by environmental monitoring stations and instruments located on land, water, ice, and in space.

State of the Climate in 2018 is the 29th issuance of the annual assessment now known as State of the Climate, published in the Bulletin since 1996. As a supplement to the Bulletin, its foremost function is to document the status and trajectory of many components of the climate system. However, as a series, the report also documents the status and trajectory of our capacity and commitment to observe the climate system.

Erfolgreiche MSc-Defensio in Mondsee

A Binder defensio 2019

v.l.n.r: Josef Wanzenböck (Vorsitzender), Thomas Pröschold (Co-Betreuer und Prüfer), Anna Binder, Claus-Peter Stelzer (Prüfer), credit: S. Wanzenböck, ILIM

Heute konnte sich Anna Binder aus der Forschungsgruppe von Bettina Sonntag (Betreuung Bettina Sonntag und Co-Betreuung Thomas Pröschold) über ihre äußerst erfolgreiche Verteidigung der Masterarbeit freuen. Anna arbeitete unter dem Titel Molekularbiologische Charakterisierung von Indikator-Ciliaten (Einzellige Eukaryota) für die Gewässergütebestimmung an einem standardisierten Analysekit für Ciliaten zur Unterstützung der Bestimmung der Gewässergüte im Zuge der EU-Wasserrahmenrichtlinie.

Wir gratulieren sehr herzlich!

online seit 23.08.2019

Neue Publikation am ILIM/new publication at ILIM:

Darienko T., Kang W., Orzechowski A.K., Pröschold T. (2019). Pleurastrosarcina terriformae, a new species of a rare desert trebouxiophycean alga discovered by an integrative approach, Extremophiles 23: 573-586. doi:10.1007/s00792-019-01108-5

This work was supported by the Deutsche Forschungsgemeinschaft, (DFG Fr 905/21-1), project 3 within the DFG SPP 1803 (EarthShape: Earth Surface by Biota), open access funding was provided by University of Innsbruck and Medical University of Innsbruck.

Biological soil crusts of extreme habitats (semi-deserts and deserts) are dominated by cyanobacteria and microalgae. The
most abundant taxa are green algae belonging to the classes Chlorophyceae and Trebouxiophyceae. Specimens with sarcinoidlike morphology (cells arranged in packages) represent one group of these microalgae. The genus Pleurastrosarcina consists of two species, which were originally described as Chlorosarcina (P. brevispinosa and P. longispinosa). Both species are
exclusively found from arid soils. However, these species were only reported few times and probably overlooked especially
if no akinetes were present. During studying soil samples collected from different regions of the Atacama desert (Chile),
we isolated two strains, which were morphologically similar to both Pleurastrosarcina species. The phylogenetic analyses
confirmed that they belong to this genus. The ITS-2/CBC approach revealed that both new isolates represent a new species,
P. terriformae. The comparison with other available strains demonstrated that this new species is not restricted to South
America and was also found in coastal area in Europe. The six investigated strains showed a high phenotypic plasticity,
which is reflected in the descriptions of several varieties.

Neue Publikationen am ILIM (Mitarbeiter hevorgehoben)/new publications at ILIM (staff members bold):

Limberger R., Pitt A., Hahn M. W., Wickham S. A. (online first). Spatial insurance in multi-trophic metacommunities. Ecology Letters. doi: 10.1111/ele.13365

This work was supported by an Erwin-Schrödinger scholarship of the Austrian Science Fund (FWF), grant no. J3265-B16.

Metacommunity theory suggests that dispersal is a key driver of diversity and ecosystem functioning in changing environments. The capacity of dispersal to mitigate effects of environmental change might vary among trophic groups, potentially resulting in changes in trophic interactions and food web structure. In a mesocosm experiment, we compared the compositional response of bacteria, phyto- and zooplankton to a factorial manipulation of acidification and dispersal. We found that the buffering capacity of dispersal varied among trophic groups: dispersal alleviated the negative effect of acidification on phytoplankton diversity mid-experiment, but had no effect on the diversity of zooplankton and bacteria. Likewise, trophic groups differed in whether dispersal facilitated compositional change. Dispersal accelerated changes in phytoplankton composition under acidification, possibly mediated by changes in trophic interactions, but had no effect on the composition of zooplankton and bacteria. Overall, our results suggest that the potential for spatial insurance can vary among trophic groups.

Neue Publikationen am ILIM (Mitarbeiter hevorgehoben)/new publications at ILIM (staff members bold): 

Jiang Y., Huang H., Ma T., Ru J., Blank S., Kurmayer R., Deng L. (2019). Temperature response of planktonic microbiota in remote alpine lakes, Front. Microbiol. 10:1714, doi: 10.3389/fmicb.2019.01714 

The sampling and the data acquisition were funded by the Nationalkomitee Alpenforschung of the Austrian Academy of Sciences, project DETECTIVE (DEcadal deTECTion of biodIVErsity in alpine lakes)

Alpine lakes are considered pristine freshwater ecosystems and sensitive to direct and indirect changes in water temperature as induced by climate change. The bacterial plankton constitutes a key component in the water column and bacterial metabolic activity has direct consequences for water quality. In order to understand bacterial response to global temperature rise in five alpine lakes located in the Austrian Alps (1700–2188 m a.S.L.) water temperature was compared within a decadal period. Depth-integrated samples were characterized in community composition by 16S rDNA deep-amplicon sequencing early [56 ± 16 (SD) days after ice break up] and later (88 ± 16 days) in the growing season. Within the 10 years period, temperature rise was observed through reduced ice cover duration and increased average water temperature. During the early growing season, the average water temperature recorded between circulation in spring until sampling date (WAS), and the day of autumn circulation, as well as chemical composition including dissolved organic carbon influenced bacterial community composition. In contrast, only nutrients (such as nitrate) were found influential later in the growing season. Metabolic theory of ecology (MTE) was applied to explain the dependence of taxonomic richness on WAS in mathematical terms. The calculated activation energy exceeded the frequently reported prediction emphasizing the role of WAS during early growing season. Accordingly, the relative abundance of predicted metabolism related genes increased with WAS. Thus, the dominant influence of temperature after ice break up could be explained by overall climate change effects, such as a more intense warming in spring and an overall higher amplitude of temperature variation.

In die Forschung hineinschnuppern - Sommerworkshops am Mondsee


Die Planktonprobenahme wird erklärt, Foto: S. Wanzenböck, ILIM

Gestern fand unser Sommerworkshop "Leben im Wassertropfen" in Mondsee statt. Unter dem Mikroskop wurden faszinierende Planktonorganismen beobachtet und bestimmt. Bettina Sonntag und Barbara Kammerlander begleiteten den Workshop mit ihrer fachlichen Expertíse.

Am Dienstag, 21.08. findet wieder ein "Junge Uni" Termin unter dem Titel "Mein Mondsee" für 6-12 jährige JungforscherInnen statt. Am Mittwoch, 22.08. erfährt man als "WissenschafterIn für einen Tag" wie in der Gewässerforschung gearbeitet wird. Zuerst geht es mit dem Forschungsboot auf den Mondsee und dann zur Probenanalyse ins Labor. Da darf dann mitgearbeitet werden!

Am besten jetzt schon Termine vormerken und beim Tourismusverband Mondsee unter oder 06232 2270 anmelden, hier gibt es auch weitere Info zu den Terminen. Beide Termine finden bei jedem Wetter im Forschungsinstitut für Limnologie der Uni innsbruck in der Mondseestrasse 9, 5310 Mondsee statt. Wir freuen uns auf viele TeilnehmerInnen, bitte weitersagen!

online seit 24.07.2019

Neue Publikation am ILIM (Mitarbeiter hevorgehoben)/new publication at ILIM (staff members bold):

Beisser, D., Bock, C.,  Hahn, M.W.,  Vos, M., Sures, B., Rahmann, S., and J. Boenigk (2019) Interaction-specific changes in the transcriptome of Polynucleobacter asymbioticus caused by varying protistan communities. Frontiers in Microbiology 10, 1498, doi.10.3389/fmicb.2019.01498

We studied the impact of protist grazing and exudation on the growth and transcriptomic response of the prokaryotic prey species Polynucleobacter asymbioticus. Different single- and multi-species communities of chrysophytes were used to determine a species-specific response to the predators and the effect of chrysophyte diversity. We sequenced the mRNA of Pn. asymbioticus in communities with three single chrysophyte species (Chlorochromonas danica, Poterioochromonas malhamensis and Poteriospumella lacustris) and all combinations. The molecular responses of Pn. asymbioticus significantly changed in the presence of predators with different trophic modes and combinations of species. In the single-species samples we observed significant differences related to the relative importance of grazing and exudation in the protist-bacteria interaction, i.e., to the presence of either the heterotrophic Ps. lacustris or the mixotrophic C. danica. When grazing dominates the interaction, as in the presence of Ps. lacustris, genes acting in stress response are up-regulated. Further genes associated with transcription and translation are down-regulated indicating a reduced growth of Pn. asymbioticus. In contrast, when the potential use of algal exudates dominates the interaction, genes affiliated with iron transport are up-regulated. Rapid phototrophic growth of chrysophytes, with a high demand on soluble iron, could thus lead to iron-limitation and cause changes in the iron metabolism of Pn. asymbioticus. Additionally, we observe a benefit for Pn. asymbioticus from a more diverse protistan community, which could be due to shifts in the relative importance of phototrophy in the mixotrophic chrysophytes when competing for food with other species. Our study highlights the importance of biotic interactions and the specificity of such interactions, in particular the differential effect of grazing and algal exudation in the interaction of bacteria with mixotrophic protists.

Maker Day im Werkschulheim Felbertal

Maker Day 16 Maker Day 9

Maker Day Stationen Labor (links) und Mikroskopieren (rechts), Fotos: S. Wanzenböck, ILIM Mondsee

Am 2.7.2019 fand der erste Maker Day im Werkschulheim Felbertal in Ebenau statt. Am Vormittag wurde für Schülerinnen und Schüler aus der Region zwischen 6 und 14 Jahren ein abwechslungsreicher Stationsbetrieb angeboten. Am Nachmittag konnten interessierte Kinder mit Begleitung die Stationen besuchen.

Das Forschungsinstitut für Limnologie, Mondsee, betrieb zwei der angebotenen 20 Stationen beim Maker Day. Die Station "Mikroskopieren" eröffnete Kindern zwischen 6 und 10 Jahren die Welt des Makrozoobenthos aus dem Bach. Die Kinder konnten die Bachtiere in vorbereiteten Probenschalen beobachten und dann unter dem Mikroskop genauer bestimmen. Spiele und Rätsel vervollständigten das Angebot. Bei der Station "Labor" konnten 10-14 Jährige DNA aus Kiwis gewinnen und bekamen die Grundlagen der Erbsubstanz erklärt. Unter fachlicher Anleitung konnten die Schüler und Schülerinnen selbst Proben für eine PCR vorbereiten. Projektpartner wie die Wirtschaftskammer Salzburg, Akzente Salzburg oder das Werkschulheim Felbertal unterstützten das Team der LEADER Region FUMO bei der Organisation.


Bericht in der Bezirksrundschau

online seit 04.07.2019

Neue Professur am Mondsee

Portrait O S


Univ. Prof. Dr. Otto Seppälä hat mit 1.7.2019 seine Stelle als Professor für Aquatische Evolutionsökologie am Forschungsinstitut für Limnologie, Mondsee, angetreten. Otto Seppälä wechselte von der Schweizer EAWAG an die Universität Innsbruck. In seiner Forschungsgruppe beschäftigt er sich aktuell hauptsächlich mit den Interaktionen zwischen Wirten und ihren Parasiten in wechselnden, aquatischen Lebensräumen und welche Mechanismen Parasiten entwickeln können um ihre Wirte zu manipulieren. Wir wünschen ihm viel Erfolg und heißen ihn am Institut herzlich willkommen.

online seit 04.07.2019

BMA Stelle im Rahmen des FWF Projekts "Subzelluläre Lokalisierung der Toxinproduktion" zum 1.10.2019

In Natur sind viele Cyanobakterien (Blaualgen) mit giftigen Inhaltsstoffen bekannt, z.B. kleinere zyklische Peptid-Moleküle, die aus 6-14 Aminosäuren bestehen. Bekannt sind die Microcystine und Anabaenopeptine, die Enzyme wie Proteinphosphatasen 1 und 2A in allen höheren Organismen hemmen. Viele dieser Peptide werden nichtribosomal von sehr großen multifunktionalen Enzymkomplexen (die sog. Nichtribosomale Peptidsynthese) hergestellt. Die Toxine werden aus den Zellen herausgelöst oder aber aktiv transportiert, wobei hierzu der Mechanismus und die bestimmenden Faktoren nicht bekannt sind. Zur Beobachtung von Einzelzellen setzen wir speziell die Technik der Klick-Chemie ein, die es ermöglicht, sehr spezifisch Peptide über Standardfluorophore in den Zellen zu detektieren. Verschiedene chemisch-analytische Methoden zeigen deutlich eine gezielte Veränderung von Peptiden durch den Einbau einer Alkyn oder Azid-Seitenkette, welche dann für spezifische Farbstoffe als Reaktionsort in lebenden oder fixierten Zellen zu Verfügung steht.

+) Anwendung der Klick-Chemie Methodik für die subzellluläe Lokalisierung der Toxin-Peptide in Isolaten, die sich im intra- und extrazellulären Toxingeghalt unterscheiden
+) Quantifizierung der Peptide durch Bildanalyse auf zellulärer Ebene, Durchflusszytometrie, und hochauflösender Mikroskopie (Laserscanning, STED), aber auch durch chemisch-analytische Standard Methodik (HPLC-MSn).
+) Wachstumskulturversuche mit Isolaten zum Einfluß unterschiedlicher physiologischer Stressbedingungen auf die interzelluläre Lokalisierung.

Universität Innsbruck, Forschungsinstitut für Limnologie, Mondseestrasse 9, 5310 Mondsee, Österreich

Absolvierte Ausbildung als BiomedizinischeR AnalytikerIn (BMA)

Die Stelle ist gemäß dem Kollektivertrag der Universitäten für 36 Monate zu besetzen (100% Anstellung, 40 Stunden/Woche). Für diese Position ist ein kollektivvertragliches Mindestentgelt von brutto € 2.614,30 / Monat (14 mal) vorgesehen.

Kontakt für Information und Bewerbung:
Assoz. Prof. Dr. Rainer Kurmayer, Forschungsinstitut für Limnologie, Universität Innsbruck,
email:; Tel 0043 512 507 50242

Für die Bewerbung senden Sie bitte ein Motivationsschreiben (in Deutsch) sowie einen Lebenslauf (Englisch oder Deutsch) elektronisch bis zum 15. September 2019.


online seit 04.07.2019

Citizen Science in Obergurgl

Panorama Obergurgl

 credit: S. Wanzenböck, ILIM

Von 26.-28.06.2019 fand im Universitätszentrum Obergurgl die 5. Österreichische Citizen Science Konferenz statt. Unter dem Motto "Grenzen und Übergänge" wurde ein interessantes und vielfältiges Programm geboten. Mit dem höchsten Science Slam konnte sogar ein neuer Weltrekord erzielt werden. Das ILIM war mit dem Vortrag "Verbindung von Forschung und Wissenschaftsvermittlung im Rahmen eines Sparkling Science Projektes" (A. Pitt et al Sparkling Science Projekt "Verborgene Welt der Bakterien") und dem Poster "Interview mit einem Wimpertierchen und Ciliatenjagd – Einzeller als Schlüssel zu Citizen Science" (S. Wanzenböck FFG Talente regional Projekt "Wasserleben") vertreten. Der Veranstaltungsort war der perfekte Rahmen für den Austausch und die Vernetzung zwischen den TeilnehmerInnen aus den verschiedenen Disziplinen. In zahlreichen Vortägen und Workshops wurde eine große Bandbreite der Citizen Science community angeboten. Die nächste Citizen Science Konferenz findet 2020 in Wien statt.

Vortrag Pitt-Obergurgl

Infografik, die während des Vortrags in Obergurgl zum Vortrag von A. Pitt gezeichnet wurde,

 online seit 03.07.2019

Neue Publikation am ILIM (MitarbeiterInnen markiert)/new publication at ILIM (staff member in bold):

Pitt A., Schmidt J., Koll U., Hahn M.W. (online first). Aquirufa antheringensis gen. nov., sp. nov. and Aquirufa nivalisilvae sp. nov., representing a new genus of widespread freshwater bacteria. Int J Syst Evol Microbiol  doi 10.1099/ijsem.0.003554

Diese Publikation entstand im Rahmen des Sparkling Science Projekts "Verborgene Welt der Bakterien"/This publication is a result of the Sparkling Science project "Sparkling Bacteria".

Sparkling Science

Three bacterial strains, 30S-ANTBAC, 103A-SOEBACH and 59G- WUEMPEL, were isolated from two small freshwater creeks and an intermittent pond near Salzburg, Austria. Phylogenetic reconstructions with 16S rRNA gene sequences and, genome based, with amino acid sequences obtained from 119 single copy genes showed that the three strains represent a new genus of the family Cytophagaceae within a clade formed by the genera Pseudarcicella , Arcicella and Flectobacillus . blast searches suggested that the new genus comprises widespread freshwater bacteria. Phenotypic, chemotaxonomic and genomic traits were investigated. Cells were rod shaped and were able to glide on soft agar. All strains grew chemoorganotrophically and aerobically, were able to assimilate pectin and showed an intense red pigmentation putatively due to various carotenoids. Two strains possessed genes putatively encoding proteorhodopsin and retinal biosynthesis. Genome sequencing revealed genome sizes between 2.5 and 3.1 Mbp and G+C contents between 38.0 and 42.7 mol%. For the new genus we propose the name Aquirufa gen. nov. Pairwise-determined whole-genome average nucleotide identity values suggested that the three strains represent two new species within the new genus for which we propose the names Aquirufa antheringensis sp. nov. for strain 30S-ANTBAC (=JCM 32977 =LMG 31079=DSM 108553) as type species of the genus, to which also belongs strain 103A-SOEBACH (=DSM 108555=LMG 31082) and Aquirufa nivalisilvae sp. nov. for strain 59G-WUEMPEL (=LMG 31081 =DSM 108554).


Einblick in die Mikrowelt der Seen

Ein neues Video mit dem Titel "Der Mikrokosmos im See", das im Sparkling Science Projekt "Verborgene Welt der Bakterien" entstanden ist, ist nun online verfügbar! Im Projekt arbeiten seit September 2017 SchülerInnen aus Salzburger Gymnasien gemeinsam mit den WissenschafterInnen des Forschungsinstituts für Limnologie um das Wissen zur Vielfalt der Bakterien in heimischen Gewässern zu erweitern. Die Arbeit ist aber bei weitem nicht abgeschlossen, da von ungefähr einer Millionen Bakterienarten 99% noch nicht wissenschaftlich beschrieben sind. 

Sparkling Science1 Sparkling Science

Foto: ILIM

online seit 18.06.2019

Neue Publikation am ILIM (MitarbeiterInnen hervorgehoben)/new publication at ILIM (staff members in bold):

  • Blommaert J., Riss S., Hecox-Lea B., Mark Welch D.B., Stelzer C.-P. (2019). Small, but surprisingly repetitive genomes: transposon expansion and not polyploidy has driven a doubling in genome size in a metazoan species complex. BMC Genomics 20: 466,

Lots of ‘junk’ in the genome of a small aquatic invertebrate

The genomes of animals and plants usually contain more DNA than required for organismic function. Therefore, genome size may vary greatly among species. Here we investigated genome size variation among several closely related rotifer species of the Brachionus plicatilis complex, which differed up to four-fold in genome size. We found that species with larger genomes contained proportionally higher amounts of repetitive DNA, and that this DNA could account for up to half the genome. Repetitive DNA consisted mainly of transposable elements, a form of 'junk' DNA often found in animals and plants. However, such high proportions of repetitive DNA are rather unusual for a small genome, like in rotifers. Our study contradicts the naïve expectation that small genomes are streamlined, or less complex, and that large variations in DNA content between closely related species are due to polyploidy (duplications of the genome).


 The rotifer Brachionus plicatilis (here: a female with egg) can be found worldwide in the zooplankton of small water bodies. photo: C.-P. Stelzer

  • Cieplinski A., Weisse T., Obertegger U. (in press). First study on the male inducing signal in Keratella cochlearis, crowding is the key, Limnologica


Keratella female with attached 244 egg, ventrolateral view, photo: A. Cieplinski

Most monogonont rotifers usually reproduce by cyclical parthenogenesis. For many rotifer species the factor inducing
sexual reproduction is high population density (crowding). While Keratella cochlearis is one of the most ubiquitous
monogonont freshwater rotifers, little is known about its reproduction. We provide experimental evidence that the
switch from parthenogenesis to production of males in K. cochlearis is density-dependent. Single females (F1
generation) were kept in containers of varying volume representing various levels of crowding. The percentage of
sexual daughters (F2 generation) producing males was higher in smaller volume treatments (higher crowding) than in
larger volume treatments (lower crowding). The lowest population density at which males appeared was 38.5 females
L-1 of K. cochlearis as estimated by beta regression. We also present a detailed photograph of a K. cochlearis male
which has previously been known only from drawings. Surprisingly, we never observed mating and resting egg

Fischforschung beim Wissenschaftsfest in Innsbruck am Samstag, 15.06.2019

 Stationsbetrieb 1 Fischsektion1

Echolot Fischerkennung

Fischsektion2 Station

Fotos. S. Wanzenböck, ILIM

Das Wissenschaftsfest der Universität Innsbruck vom Freitag 14.6. bis Sonntag 16.6.2019 im Bereich des Hofgartens war trotz des heißen Sommerwetters gut besucht. Die Fischgruppe des ILIM präsentierte den Themenbereich Echolot/Fischforschung mit regelmäßigen Fischsektionen, einem Fischerkennungsspiel, einer interaktiven Fischsektionssoftware und Kinderprogramm (Basteln eines Bechertelefons, Fischquiz) sowie Präsentationen zur Echolottechnik.

online seit, 17.06.2019

Neue Publikation am ILIM (MitarbeiterInnen hervorgehoben)/new publication at ILIM (staff members in bold):

Hahn M.W., Koll U., Schmidt J. (2019). Isolation and Cultivation of Bacteria. Pages 313-351.  In: Hurst C. (eds) The Structure and Function of Aquatic Microbial Communities. Advances in Environmental Microbiology, vol 7. Springer, Cham.

The structure and function-Springer 2019

This book discusses how aquatic microbial communities develop interactive metabolic coordination both within and between species to optimize their energetics. It explains that microbial community structuration often includes functional stratification among a multitude of organisms that variously exist either suspended in the water, lodged in sediments, or bound to one another as biofilms on solid surfaces. The authors describe techniques that can be used for preparing and distributing microbiologically safe drinking water, which presents the challenge of successfully removing the pathogenic members of the aquatic microbial community and then safely delivering that water to consumers. Drinking water distribution systems have their own microbial ecology, which we must both understand and control in order to maintain the safety of the water supply. Since studying aquatic microorganisms often entails identifying them, the book also discusses techniques for successfully isolating and cultivating bacteria. As such, it appeals to microbiologists, microbial ecologists and water quality scientists.


Heute um 16 Uhr findet das Seminar

Julie BLOMMAERT (Forschungsgruppe C.-P. Stelzer)
Mechanisms and significance of genome size variation in rotifers

im Seminarraum Drachenwand im 2. Stock statt.

Gäste sind willkommen!


Die Bewerbungsfristen für eine ausgeschriebene PhD Stelle und eine PostDoc Stelle wurden verlängert/the deadlines for two positions at the Research Department (1 PhD and 1 PostDoc) have been extended!

Details unter/for details see:

online seit 29.06.2019

Neue Publikation dem ILIM zugehörig/new publication with affiliation ILIM:

Woolway R., Weyhenmeyer G.A., Schmid M., Dokulil M.T., de Eyto, E., Maberly S.C., May L., Merchant C.J. (online first). Substantial increase in minimum lake surface temperatures under climate change. Climatic Change 1-14, doi.10.1007/s10584-019-02465-y

The annual minimum of lake surface water temperature influences ecological and biogeochemical processes, but variability and change in this extreme have not been investigated. Here, we analysed observational data from eight European lakes and investigated the changes in annual minimum surface water temperature. We found that between 1973 and 2014, the annual minimum lake surface temperature has increased at an average rate of + 0.35 °C decade−1, comparable to the rate of summer average lake surface temperature change during the same period (+ 0.32 °C decade−1). Coherent responses to climatic warming are observed between the increase in annual minimum lake surface temperature and the increase in winter air temperature variations. As a result of the rapid warming of annual minimum lake surface temperatures, some of the studied lakes no longer reach important minimum surface temperature thresholds that occur in winter, with complex and significant potential implications for lakes and the ecosystem services that they provide.

Kindergarten zu Besuch

Kindergarten 1 Kindergarten 2

Kindergartenkinder aus Tiefgraben besuchten das Forschungsinstitut, Foto: S. Wanzenböck, ILIM

Heute waren die SchulanfängerInnen des Kindergartens Tiefgraben bei uns zu Besuch. Die Kinder wurden spielerisch an die ökologischen Zusammenhänge der Wasserorganismen herangeführt. Nach einem Märchen über den Frosch konnten die Kinder selbst Wassertieremobiles basteln und sich beim "Angeln" versuchen. Unter dem Mikroskop wurden Wasserflöhe ganz genau beobachtet. Höhepunkt waren die Aquarienräume mit lebenden Fischen. Zwei Kindergartenpädagoginnen begleiteten die Kinder bei ihrem Ausflug.

online seit, 17.05.2019

SAVE the date(s):
Wasser und Klimawandel - zwei Veranstaltungen in Mondsee

Hochwasser Mondsee 2013

Logo Jubiläeumsjahr Uni InnsbruckSIL Austria logo

Hochwasser am Mondsee 2013, Foto: ILIM

Das Thema Klimawandel hat für unsere Umwelt und nicht zuletzt für uns Menschen immer mehr an Bedeutung gewonnen. Die Auswirkungen des Temperaturanstiegs auf unsere Gewässer und die Folgen für die aquatischen Organismen sind schon seit längerer Zeit in den Fokus der Forschung gerückt. Wir haben dieses wichtige Thema als Motto für zwei Veranstaltungen 2019 in Mondsee gewählt:

1) Öffentliche Podiumsdiskussion im Festsaal des Schlosses Mondsee zum Thema "Bedeutung von Wasser und Gewässern in den Alpen in Zeiten des Klimawandels" am Sonntag, 27. Oktober 2019 in Mondsee, zwischen 16:00 und 18:30 Uhr, freier Eintritt.

2) Konferenz der Österreichischen Gesellschaft für Limnologie (SIL-Austria) mit dem Thema "Wasser und Klimawandel - aktueller Wissensstand und künftige Herausforderungen" vom 28.-30. Oktober 2019
im Pfarrsaal Mondsee Anmeldung bis 15. Juni 2019 mit ausgefülltem Formular unter bitte per Mail an
Ermäßigungen für studentische SIL-Austria Mitglieder!

Mehr unter

Die beiden Veranstaltungen finden im Rahmen des 350 Jahre Jubiläums der Universität Innsbruck statt!
Veranstalter sind: die Österreichische Gesellschaft für Limnologie (SIL-Austria) und das Forschungsinstitut für Limnologie, Mondsee

online seit 09.05.2019

Sie haben schon viel vom Mondseeland gehört, waren aber noch nie dort?

Der Tourismusverband Mondseeland hat grossartige Aufnahmen der Region Mondsee-Irrsee in 360° erstellt! Gleich ansehen unter:

Dazu gibt es sogar ein Gewinnspiel:

Kurzurlaub für zwei Personen in der Region Mondsee-Irrsee gewinnen! 🙌

𝙎𝙤 𝙚𝙞𝙣𝙛𝙖𝙘𝙝 𝙜𝙚𝙝𝙩'𝙨:
● Folgt diesem Link
● Sucht euch euer Lieblingsplatzerl in der Region Mondsee-Irrsee aus und...
● Gewinnt!

Viel Glück!


Technische Assistenz im Forschungslabor (Aquatische Evolutionsökologie)

am Forschungsinstitut für Limnologie, Mondsee (OÖ)

VwGr IIIa (40 Stunden/Woche), zum ehestmöglichen Eintritt

Chiffre BIO-10573


  • Betreuung von Hälterungsanlagen und Versuchsorganismen (Niedere Tiere wie z. B. aquatische Schnecken, Protisten)
  • Allgemeine Laborroutinen und Bestellwesen
  • Durchführung und Auswertung von Laborexperimenten
  • Analyse von Daten aus Laborexperimenten und von Umweltproben
  • Freilandarbeiten, insbesondere Gewässerbeprobung und Verarbeitung der erhobenen Daten, sowie Durchführung von Experimenten an Freilandsystemen

Erforderliche Qualifikation:

  • Absolvierte Ausbildung zur MTA/CTA/BMA oder äquivalente Ausbildung
  • Umfangreiche Laborerfahrung und Erfahrungen mit Freilandarbeiten (Probennahmen) an aquatischen Systemen
  • Einschlägige Erfahrung in der Hälterung und Pflege von Versuchsorganismen
  • Gute Englischkenntnisse in Wort und Schrift
  • Fähigkeit zur Teamarbeit und Flexibilität

Mindestentgelt lt. KV brutto: € 2.062,00/Monat (14x)

Nähere Informationen und den rechtsverbindlichen Ausschreibungstext finden Sie unter Chiffre BIO-10573.

Wir freuen uns auf Ihre Online-Bewerbung bis 23.05.2019

online seit 02.05.2019

Girls Day 2019 - Unifeeling am Mondsee

 Girls Day 10 Girls Day 11

Teilnehmerinnen beim Girls Day 2019, Foto: ILIM, S. Wanzenböck

Elf Schülerinnen aus Oberösterreich waren am Girls Day gestern zu Gast am Forschungsinstitut für Limnologie in Mondsee.  Neben der Probenahme am Mondsee mit dem Forschungsboot, dem Mikroskopieren von Planktonproben und der Vorbereitungen zu einer Analyse im Labor unter fachlicher Anleitung, bekamen die Mädchen einen Einblick in die unterschiedlichen Berufe im Forschungsbereich. Die Ausfahrt mit dem Forschungsboot zur Probenahme war natürlich das Highlight. Man sieht, alle waren konzentriert und mit Interesse dabei :)


Video (Quelle: W. Reiberstorfer)

online seit 26.04.2019


Neue Publikationen am ILIM/new publications at ILIM:

Maresca J.A., Keffer J. L., Hempel P.P., Polson S.W., Shevchenko O., Bhavsar J., Powell D., Miller K.J., Singh A., Hahn, M.W. (2019). Light modulates the physiology of nonphototrophic Actinobacteria,  Journal of Bacteriology, e00740-18, doi: 10.1128/JB.00740-18 Commentary by Carolyn E. Lubner

Light is a source of energy and an environmental cue that is available in excess in most surface environments. In prokaryotic systems, conversion of light to energy by photoautotrophs and photoheterotrophs is well understood, but the conversion of light to information and the cellular response to that information have been characterized in only a few species. Our goal was to explore the response of freshwater Actinobacteria, which are ubiquitous in illuminated aquatic environments, to light. We found that Actinobacteria without functional photosystems grow faster in the light, likely because sugar transport and metabolism are upregulated in the light. Based on the action spectrum of the growth effect and comparisons of the genomes of three Actinobacteria with this growth rate phenotype, we propose that the photosensor in these strains is a putative CryB-type cryptochrome. The ability to sense light and upregulate carbohydrate transport during the day could allow these cells to coordinate their time of maximum organic carbon uptake with the time of maximum organic carbon release by primary producers.


Weithoff G., Neumann C., Seiferth J., Weisse T. (2019). Living on the edge - reproduction, dispersal potential, maternal effects and local adaptation in aquatic, acidophilic invertebrates. Aquat. Sci. 81:40, doi: 10.1007/s00027-019-0638-z

Isolated extreme habitats are ideally suited to investigate pivotal ecological processes such as niche use, local adaptation and dispersal. Extremophilic animals living in isolated habitats face the problem that dispersal is limited through the absence of suitable dispersal corridors, which in turn facilitates local adaptation. We used five rotifer isolates from extremely acidic mining lakes with a pH of below 3 as model organisms to test whether these isolates are acidotolerant or acidophilic, whether they survive and reproduce at their niche edges (here pH 2 and circum-neutral pH) and whether local adaptation has evolved. To evaluate potential dispersal limitation, we tested whether animals and their parthenogenetic eggs survive and remain reproductive or viable at unfavourable pH-conditions. All five isolates were acidophilic with a pH-optimum in the range of 4–6, which is well above the pH (< 3) of their lakes of origin. At unfavourable high pH, in four out of the five isolates parthenogenetic females produced a high number of non-viable eggs. Females and eggs produced at favourable pH (4) remained vital at an otherwise unfavourable pH of 7, indicating that for dispersal no acidic dispersal corridors are necessary. Common garden experiments revealed no clear evidence for local adaptation in any of the five isolates. Despite their acidophilic nature, all five isolates can potentially disperse via circum-neutral water bodies as long as their residence time is short, suggesting a broader “dispersal niche” than their realized niche. Local adaptation might have been hampered by the low population sizes of the rotifers in their isolated habitat and the short time span the mining lakes have existed.

Neue Publikation am ILIM/new publication at ILIM:

Pamminger-Lahnsteiner, B., Winkler K.A., Weiss S., Wanzenböck, J. (2019). Reinanke oder Maräne? Untersuchungen zu Verwandtschaftsverhältnissen und genetischer Vermischung der Coregonen in österreichischen Seen, Österreichs Fischerei 72(4): 94-107.


Reinanken, Foto: J. Wanzenböck

The genetic structure and differentiation of whitefish populations sampled throughout 13 Austrian lakes, one German lake, one hatchery strain and one wild caught population from coastal waters in Germany were investigated. Levels of introgression and hybridization of introduced (hatchery) forms with native forms were evaluated with support of simulated hybrid-populations. Two main population groups were identified which could be differentiated genetically and reflected the indigenous (native) Alpine populations (locally called "Reinanke") and the introduced (hatchery) forms of Baltic origin (locally called "Maräne"). The level of hybridization as well as introgression in the individual lake populations reflected ecological disturbances caused by stocking allochthonous whitefish and possibly anthropogenic eutrophication. Thus, our results provide a basis of advice to fisheries managers on appropriate management actions focusing on the conservation of natural resources.

Fischwanderungen im Mondseeland beobachten


Perlfischmännchen bei der Laichwanderung, Foto: ILIM

Zwischen Mond- und Attersee findet bald wieder der Laichzug von Perlfischen und Seelauben statt. Diese beiden Fischarten haben unter anderem bewirkt, dass das Gebiet in die Liste der NATURA 2000 Europaschutzgebiete aufgenommen wurde. Die Fische ziehen aus den Seen in die Flüsse um dort abzulaichen. Die Gebietsbetreuung des Schutzgebietes bietet dazu jedes Jahr interessante, kostenlose Exkursionen an. Diesmal findet die Exkusion zum Perlfischlaichzug am 26.4. um 14 Uhr bei Schönwetter und am 24.5. um 14 Uhr zum Seelaubenlaichzug statt.

online seit 19.04.2019


Dissertationsstelle am Forschungsinstitut für Limnologie, Mondsee/Oberösterreich (Universität Innsbruck) im neuen Forschungsprojekt CLAIMES



Wir suchen eine(n) DoktorandIn zur Erforschung von Bergseen der sub(alpinen) Höhenstufe in den Niederen Tauern und in Südtirol hinsichtlich der limnologischen Entwicklung unter dem Einfluss des Klimawandels und auch der zunehmenden Nutzung. Neben physikalisch-chemischen Parametern und Bioindikatoren sollen auch Hochdurchsatzsequenzierungsverfahren zum Einsatz kommen. Durch letztere kann die Artendiversität der Planktonorganismen (Bakterien, Algen) im Pelagial komplett erfasst und auch seltene oder invasive (Problem)Arten besser beobachtet werden. Vorhandene Datenreihen zur Wassertemperatur, Wasserchemie und auch verschiedenen Biota aus den Jahren 1999/2000 bzw. 2009/2010 sollen mit rezenten Messdaten für 2019/2020 verglichen werden, letztlich auch, um eine Entwickung der Wasserqualität unter zwei definierten Szenarien des Klimawandels zu prognostizieren. In enger Kooperation mit interdisziplinären Projektpartnern aus der Klimatologie (ZAMG), Sozioökologie (UIBK, EURAC), sowie Ökonomie (UIBK) sollen mit der Wasserqualität verbundene Ökosystemleistungen gegenwärtig als auch für die Zukunft indikativ erfasst werden. Nicht zuletzt erfordet dieses transdisziplinäre Projekt die Fähigkeit, Ergebnisse aus der limnologischen Forschung für politisch relevante Fragen zu transferieren.


Die Dissertationsstelle ist gemäß dem Kollektivertrag der Universitäten für 36 Monate zu besetzen (70% Anstellung, 30 Stunden/Woche) was einem Bruttomonatslohn von 2005.- Euro (14 mal jährlich) entspricht. Es wird die Absolvierung des Dissertations Studium nach dem PhD Curriculum an der Universität Innsbruck sowie die Beteiligung am interdisziplinären Doktoratskolleg »Alpine Biology and Global Change« erwartet.

Erforderliche Qualifizierung:

+) Masterdegree in Biologie, Ökologie oder einen vergleichbaren Studienrichtung

+) Limnologische Grundkenntnisse (Methodik), Erfahrung im alpinen Gelände

+) deutsche und englische Sprache in Wort und Schrift

+) Führerschein der Klasse B (PKW)

Kontakt für Information: Assoz. Prof. Dr. Rainer Kurmayer, Dr. Sabine Wanzenböck
Forschungsinstitut für Limnologie, Mondsee, der Universität Innsbruck,

Für die Bewerbung senden Sie bitte ein Motivationsschreiben (in Deutsch) sowie einen Lebenslauf (Englisch oder Deutsch) bis zum 30. Mai 2019.

Titel des Projekts: CLimate response of AlpIne lakes: resistance variability and Management consequences for Ecosystem Services (CLAIMES)


online seit 16.04.2019

Neue Publikation am ILIM (Mitarbeiter hervorgehoben)/new publication at ILIM (staff member in bold):

Qian K., Dokulil M., Chen Y. (2019). Do the regular annual extreme water level changes affect the seasonal appearance
of Anabaena in Poyang Lake? PeerJ 7:e6608 DOI 10.7717/peerj.6608


The results of this study support the hypothesis that increasing biomass and heterocyst formation of Anabaena can be primarily caused by seasonal changes of the water level in Poyang Lake.


Darienko T., Pröschold T. (2019). Reevaluation and Discovery of new species of the rare genus Watanabea and establishment of Massjukichlorella gen. nov. (Trebouxiophyceae, Chlorophyta) using an integrative approach, J. Phycol. 55:493-499, doi: 10.1111/jpy.12830


Chlorella–like coccoid green algae are widely distributed in almost all terrestrial habitats and belong to different lineages of the Chlorophyceae and Trebouxiophyceae. The Watanabea clade of the Trebouxiophyceae shows a high genetic biodiversity. Re‐investigation of the authentic strain of the rarely found W. reniformis showed several morphological differences compared to the original description. To clarify the taxonomic status of Watanabea, we compared several new isolates with similar morphology. Phylogenetic analyses of the SSU and SSU+ITS rDNA sequences revealed that all new isolates were distinct from W. reniformis. The ITS‐2/CBC approach clearly demonstrated that the strains belonging to Watanabea represented species. We emended the generic diagnosis of Watanabea, and proposed four new species. One strain, SAG 2552, represented a separate lineage that we propose as a new genus Massjukichlorella with one species M. epiphytica.

Seminar am ILIM

Donnerstag, 11.04.2019, 16 Uhr im Seminarraum Drachenwand (2. Stock)


Benard Mucholwa Simiyu, ILIM, University of Innsbruck
The effects of hydrological changes on spatial phytoplankton composition and Microcystin concentrations in Nyanza Gulf of Lake Victoria, Kenya (PhD-progress report, supervisor: R. Kurmayer)
Gäste sind willkommen!

Sparkling Science Publikation online verfügbar

Pitt A., Hahn M.W. (2019). Mikrobiologie in der Schule: Erforschung unbekannter Gewässerbakterien, Biologie in unserer Zeit, 49(2): 131-137 doi:10.1002/biuz.201910672 (Download bis Ende 2019 frei) erschienen.

Sparkling Bakteria-Y Pitt

Im laufenden Sparkling Science Projekt „Verborgene Welt der Bakterien“ arbeiten über zwei Jahre Schülerinnen und Schüler von sechs Oberstufenklassen von Gymnasien in und um Salzburg mit Mitarbeiterinnen und Mitarbeitern des Forschungsinstitutes für Limnologie, Mondsee der Universität Innsbruck zusammen. Ziel ist es, gemeinsam neue Bakterienstämme aus Gewässern der Umgebung zu isolieren und als Arten oder höhere taxonomische Einheiten zu beschreiben. Im ersten Projektjahr wurden bereits 20 der 80 isolierten Bakterienstämme bearbeitet und die Genome sequenziert. Nun werden davon ausgehend neue Gattungen und Arten beschrieben.

Neue Publikation am ILIM (MitarbeiterIn hervorgehoben)/new publication at ILIM (staff members in bold):

Hahn, M. W. , Hoetzinger, M. (2019). Polynucleobacter . In Bergey's Manual of Systematics of Archaea and Bacteria (eds W. B. Whitman, F. Rainey, P. Kämpfer, M. Trujillo, J. Chun, P. DeVos, B. Hedlund and S. Dedysh). doi:10.1002/9781118960608.gbm00940.pub2'ter. Gr. adj. polys, many, numerous; L. masc. n. nucleus, a little nut, kernel; N.L. masc. n. bacter, a rod; N.L. masc. n. polynucleobacter, the rod (bacterium) with many nucleoids.

Proteobacteria / Betaproteobacteria / Burkholderiales / Burkholderiaceae / Polynucleobacter

The genus Polynucleobacter harbors bacteria with distinct lifestyles, dwelling either as free‐living organisms contributing to bacterioplankton in the water columns of freshwater systems or as obligate endosymbionts in the cytoplasm of ciliates (Euplotes). Obligate endosymbionts represent derived evolutionary stages of the primary free‐living strains. Polynucleobacter bacteria are cosmopolitan and ubiquitous in freshwater systems, which means, they dwell in freshwater systems worldwide and are omnipresent at least in lakes and ponds but frequently also dwell in running waters. Planktonic Polynucleobacter are abundant in many lakes and ponds, especially in acidic waters. Investigations on a broad variety of systems reported relative abundances of Polynucleobacter bacteria in the range of <1% up to 60% of bacterioplankton. The strains are usually characterized by small genomes of 1.5–2.5 Mb with medium G + C contents of 40–50 mol%. Cultivated strains require complex media and grow as aerobic chemoorganoheterotrophs; however, some strains contain genes putatively encoding anoxygenic photosynthesis or proteorhodopsins. Free‐living strains form small circular convex colonies with shiny surface on agar plates, and usually lack pigmentation. The majority of strains are characterized by small cell sizes and appear as curved or straight rods. Currently (August 2018), the genus contains 16 described species including one endosymbiotic taxon.

SOMMERPRAKTIKUM nur für wanderfreudige Schüler!

Projekt: CLAIMES-CLimate response of Alpine lakes: resistance variability and Management consequences for Ecosystem Services 
Du bist Schüler/in, möchtest bei einem limnologischen Projekt des Forschungsinstituts in den Niederen Tauern mitarbeiten, wanderst gerne, bist zwischen 15 und 18 Jahren und hast Interesse an einem bezahlten 4 wöchigen Sommerpraktikum (Forschungsförderungsgesellschaft-FFG) im Juli oder August 2019? Wir haben das Richtige für dich!

Im Rahmen des Forschungsprojektes CLAIMES suchen wir 2 Schüler/innen, die mit uns Wasserproben an Mittelgebirgsseen nehmen. Mitfahrgelegenheit gegeben, wohnen im Institutsgebäude auf Anfrage möglich.
Melde dich sobald als möglich bis Ende April unter mit einer Bewerbung und deinem Lebenslauf.
Wir freuen uns auf dich!

online seit 29.03.2019

WELTWASSERTAG am 22.03.2019

Wasser und Blaetter

Blätter im Bach, Foto: S. Wanzenböck, ILIM

Was ist entspannender als dem Fließen des Wassers in einem Bach zuzusehen. Entspannung und Erholung sind zwei der vielen Werte, die uns intakte Gewässer liefern können. Die sog. "Ökosystemleistungen" oder "ecosystem services" sind schon seit Beginn des Jahrtausends Teil des Methodenbandes des Millennium Ecosystem Assessment der Vereinten Nationen. Doch die Erholung steht nicht im Vordergrund, der Zugang zu sauberem Trinkwasser soll im "Sustainable Development Goal 6" bis 2030 für alle verfügbar sein. Zurzeit ist die Situation  in vielen Regionen der Welt aber noch immer dramatisch, denn sauberes Wasser ist nicht verfügbar oder kann nur durch Gefährdung der Gesundheit oder sogar des eigenen Lebens bezogen werden.

Um auf diese Situation aufmerksam zu machen und Verbesserungen zu erwirken, wird seit 1993 jedes Jahr am 22. März der Weltwassertag begangen und unter ein bestimmtes Thema gestellt. 2019 steht unter dem Motto "Leaving no one behind – water and sanitation for all" – "Niemand zurücklassen - Wasser und Sanitärversorgung für alle". Noch immer haben zwei Milliarden Menschen keinen dauerhaften Zugang zu sauberem Trinkwasser, die Hälfte der Weltbevölkerung besitzt keine sicheren Sanitäranlagen. Viele Institutionen arbeiten gemeinsam diese Missstände zu beheben und die unterschiedlichsten Veranstaltungen zur Bewusstseinsbildung finden am Weltwassertag weltweit statt.
UN Worldwaterday 2019

online seit 22.3.2019

Neue Publikation am ILIM (MitarbeiterIn hervorgehoben)/new publication at ILIM (staff members in bold):

Pitsch G., Bruni E.P., Forster D., Qu Z., Sonntag B., Stoeck T., Posch T.  (2019). Seasonality of planktonic freshwater ciliates: are analyses based on V9 regions of the 18S rRNA gene correlated with morphospecies counts? Frontiers in Microbiology: Aquatic Microbiology 10:248. doi: 10.3389/fmicb.2019.00248


Ciliates represent central nodes in freshwater planktonic food webs, and many species show pronounced seasonality, with short-lived maxima of a few dominant taxa while many being rare or ephemeral. These observations are primarily based on morphospecies counting methods, which, however, have limitations concerning the amount and volume of samples that can be processed. For high sampling frequencies at large scales, high throughput sequencing (HTS) of freshwater ciliates seems to be a promising tool. However, several studies reported large discrepancy between species abundance determinations by molecular compared to morphological means. Therefore, we compared ciliate DNA metabarcodes (V9 regions of the 18S rRNA gene) with morphospecies counts for a 3-year study (Lake Zurich, Switzerland; biweekly sampling, n = 74). In addition, we isolated, cultivated and sequenced the 18S rRNA gene of twelve selected ciliate species that served as seeds for HTS analyses. This workflow allowed for a detailed comparison of V9 data with microscopic analyses by quantitative protargol staining (QPS). The dynamics of V9 read abundances over the seasonal cycle corroborated well with morphospecies population patterns. Annual successions of rare and ephemeral species were more adequately characterized by V9 reads than by QPS. However, numbers of species specific sequence reads only partly reflected rank orders seen by counts. In contrast, biomass-based assemblage compositions showed higher similarity to V9 read numbers, probably indicating a relation between cell sizes and numbers / sizes of macronuclei (or 18S rRNA operons). Full-length 18S rRNA sequences of ciliates assigned to certain morphospecies are urgently needed for barcoding approaches as planktonic taxa are still poorly represented in public databases and the interpretation of HTS data depends on profound reference sequences. Through linking operational taxonomic units (OTUs) with known morphospecies, we can use the deep knowledge about the autecology of these species.

 Berufsorientierung beim Girls Day 2019

Girls Day 2018 Mikroskop Forschungsboot am Mondsee

Schnuppertag zum Thema Forschung am Mondsee, Fotos: S. Wanzenböck, ILIM

Heuer startet der Girls Day OÖ (25.4.) am Forschungsinstitut für Limnologie, Mondsee bereits zum neunten Mal und bietet wieder einen Schnuppertag für Schülerinnen zwischen 13 und 15 Jahren zum Thema Gewässerforschung und Wissenschaft. Die Mädchen erfahren wie  Wasserproben aus dem See gewonnen werden, untersuchen diese unter dem Mikroskop und arbeiten unter fachlicher Anleitung im Labor. Darüber welche Berufe es im Themenfeld Forschung und Wissenschaft gibt, wird ebenfalls informiert. Diesmal gibt es für interessierte Mädchen  eine besonders große Chance einen freien Platz am Forschungsinstitut zu ergattern: gleich 10 Plätze sind diesmal ausgeschrieben. Um dabei zu sein muss man bis zum 06.03.2019 das Anmeldeformular unter  herunterladen und von den Eltern unterschreiben lassen. Mit dem Formular bei der KontaktlehrerIn der eigenen Schule für den Girls Day in Mondsee anmelden und Daumen drücken!
Mit dem Girls Day sollen Mädchen, außerhalb der typischen Frauenberufe, über Berufsmöglichkeiten im Bereich Forschung, Technik und Innovation informiert werden. Das Forschungsinstitut der Universität Innsbruck am Mondsee unterstützt diese Initiative sehr gerne.

online seit 22.02.2019


Zwei neue Master of Science am Mondsee

Mit Elisabeth M. Wolf (defensio in Innsbruck) und Daniel Rieser haben gleich zwei Studierende ihre am Mondsee durchgeführten Masterarbeiten erfolgreich verteidigt.

 defensio E Wolf 2019 EW Freiland

Prüferin D. Lamatsch, E. Wolf und Prüfer J. Wanzenböck, Foto: Traugott (links)
E. Wolf bei der Freiland-Probenahme an der Seeache, Foto: ILIM (rechts)

Elisabeth M. Wolf wurde von  J. Wanzenböck betreut und hat in ihrer Untersuchung mit dem Thema "Spawning migration of potadromous fish after dam removal investigated via visual observations and eDNA" im Natura 2000 Gebiet Mondsee/Attersee, die gefährdeten Fischarten Perlfisch (Rutilus meidingeri) und Seelaube (Alburnus chalcoides) sowie die Rußnase (Vimba vimba) und deren Wanderaktivität aus den Flüssen in die beiden Seen untersucht. Nach der Entfernung eines Dammes in der Zeller Ache und stellenweiser Renaturierung der Sohle, wurden die Wanderstrecken dieser Fische aus dem Attersee in die Seeache und aus dem Mondsee in die Zeller Ache wieder für den Laichzug wieder besser passierbar gemacht. Durch tägliche Kontrollen und die Analyse von eDNA aus Wasserproben konnte nachgewiesen werden, dass die Fische die renaturierten Flussstrecken wieder verstärkt zum Ablaichen nutzen. Die MSc Arbeit wurde durch Mittel der Aktion Daniel Swarovski KG im Projekt Nr 261954 gefördert.

Daniel Rieser  wurde von T. Pröschold und B. Sonntag betreut und hat in seiner Masterarbeit mit dem Titel "Systematik, Morphologie und molekulare Phylogenie der Gattung Coleps (Prostomatea, Ciliophora) und deren Endosymbionten" 19 unterschiedliche Klone der Gattung Coleps untersucht und dabei festgestellt, dass verschiedene morphologische Merkmale einer großen Variabilität unterworfen sind, was erstmals beschrieben wurde. Damit wurden die bisherigen Bestimmungsschlüssel für diese Gattung in Frage gestellt. Auch die als Symbiosepartner fungierende Grünalge Micractinium conductrix, konnte in dieser Masterarbeit erstmals genetisch identifiziert werden, sie war bisher nur als Endosymbiont von Paramecium bursaria bekannt.

Rieser defensio DGP Tagung Koeln D Rieser 2018
Prüfer R. Kurmayer und T. Pröschold, D. Rieser und Vorsitzender J. Wanzenböck, Foto; ILIM (links)
D. Rieser bei seinem Vortrag bei der internationalen Protozoologentagung in Köln, 2018, Foto: ILIM (rechts)

Wir gratulieren sehr herzlich zum erfolgreichen Studienabschluss!

online seit 12.02.2019 

Defensio MSc


Einladung zur Defensio von Daniel Rieser, BSc, am Forschungsinstitut für Limnologie, Mondsee,
am Donnerstag, 7.2.2019, um 14 Uhr im Seminarraum Drachenwand, 2. Stock

Der Titel der Defensio lautet “Systematics, morphology and molecular phylogeny of the genus Coleps (Prostomatea, Ciliophora) and their endosymbionts”, Betreuerin der MSc-Arbeit ist Dr. Bettina Sonntag.

Gäste sind willkommen!

online seit 05.02.2019

Neue Publikation am ILIM (Mitarbeiter hervorgehoben)/new publication at ILIM (staff member in bold):

Daryenko T., Pröschold T. (2019). The genus Jaagichlorella Reisigl (Trebouxiophyceae, Chlorophyta) and its close relatives: an evolutionary puzzle, Phytotaxa 388 (1): 047–068, doi 10.11646/phytotaxa.388.1.2

 The genus Chlorella (in its traditional sense) is polyphyletic and belongs to at least twelve independent lineages of the Trebouxiophyceae and Chlorophyceae. Most of the aquatic species belong to the Chlorella and Parachlorella clades (within the so-called Chlorella-lineage of the Trebouxiophyceae), or to the genera Scenedesmus and Mychonastes (within the DO-group of the Chlorophyceae) according to phylogenetic analyses of the SSU and ITS rDNA sequences. In contrast to the aquatic species, the terrestrial strains investigated so far form a monophyletic lineage (Watanabea-clade) within the Trebouxia-lineage of the Trebouxiophyceae. Several genera with Chlorella-like morphology (Chloroidium, Heterochlorella, Watanabea, Kalinella, Viridiella and others) belong to the Watanabea clade. We studied 22 strains isolated from soil, bark, and artificial hard substrates, which have been traditionally identified as Chlorella luteoviridis or as unidentified Chlorella. To clarify the taxonomical status and intrageneric diversity of this group, we used an integrated approach (molecular phylogeny of SSU and ITS rDNA sequences, secondary structures, DNA barcoding, and morphology) including the ecological distribution. All investigated strains showed a low phenotypic plasticity, but a high genetic diversity, which could be only resolved in complex phylogenetic analyses based on the secondary structures of the investigated genes. Considering these results, we reestablished the genus Jaagichlorella for Heterochlorella and Heveochlorella, and proposed new combinations (J. luteoviridis, J. hainangensis, J. roystonensis, and J. sphaerica) as well as the new species, J. africana.

Nanopartikel, Superteilchen oder unsichtbare Gefahr

Xenius 2019

Heute, am 14.01.2019 um 16:45 Uhr sendet Arte einen Beitrag über unser kürzlich erfolgreich abgeschlossenes EU-Projekt FENOMENO. Die Sendung wird am 15.1.2019 um 06:40 auf Arte wiederholt.

Online ist der Beitrag ebenfalls bis 13.04.2019 abrufbar.

online seit 14.01.2019

Neue Publikation am ILIM (MitarbeiterInnen hervorgehoben)/new publication at ILIM (staff members in bold):

Hoetzinger, M., Schmidt, J., Pitt, A., Koll, U., Lang, E. and Martin W. Hahn (2019) Polynucleobacter paneuropaeus sp. nov., characterized by six strains isolated from freshwater lakes located along a 3000 km north–south cross-section across Europe. Int J Syst Evol Microbiol 69: 203–213, DOI:10.1099/ijsem.0.003130

Six Polynucleobacter (Burkholderiaceae, Betaproteobacteria) strains isolated from different freshwater lakes located across Europe were taxonomically investigated. Phylogenetic analyses based on 16S rRNA gene sequences assigns all six strains to the cryptic species complex PnecC within the genus Polynucleobacter. Analyses of partial glutamine synthetase (glnA) genes suggests that all six strains belong to the species-like taxon designated F15 in previous papers. Comparative genome analyses reveal that the six strains form a genomically coherent group characterized by whole-genome average nucleotide identity (gANI) values of >98 % but separated by gANI values of <88 % from the type strains and representatives of the 16 previously described Polynucleobacter species. In phylogenetic analyses based on nucleotide sequences of 319 orthologous genes, the six strains represent a monophyletic cluster that is clearly separated from all other described species. Genome sizes of the six strains range from 1.61 to 1.83 Mbp, which is smaller than genome sizes of the majority of type strains representing previously described Polynucleobacter species. By contrast, the G+C content of the DNA of the strains is well in the range of 44.8-46.6 mol% previously found for other type strains of species affiliated with the subgroup PnecC. Variation among the six strains representing the new species is evident in a number of traits. These include gene content differences, for instance regarding a gene cluster encoding anoxygenic photosynthesis, as well as phenotypic traits. We propose to name the new species represented by the six strains Polynucleobacter paneuropaeus sp. nov. and designate strain MG-25-Pas1-D2T (=DSM 103454T =CIP 111323T) as the type strain.



Foto: privat

Donnerstag, 10.1.2019 am ILIM, 16:00 Uhr, Seminarraum Drachenwand, 2. Stock, Mondseestrasse 9, 5310 Mondsee

Elisabeth Varga (Universität Wien, Institut für Lebensmittelchemie und Toxikologie)
Toxins in brackish water microalgae Karlodinium and Prymnesium

Gäste sind willkommen!


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