Nur mit einem Dekret auf einem simplen DIN-A-4 Blatt vom 20. September 1980 schuf Diözesanbischof DDr. Paulus Rusch mit Rechtswirksamkeit vom 1. Oktober 1980 anstelle der früheren, im Mai 1973 von der Österreichischen Bischofskonferenz aufgelösten „Kath. Hochschulgemeinde“ (KHG) eine eigene selbständige „Universitätspfarre“. Der Auflösung der früheren KHG waren jahrelange Streitereien und Konflikte zwischen Bischof, Studierendenvertretern sowie den ständig wechselnden Hochschulseelsorgern vorausgegangen.
Im Sommer 1979 war Prof. MMag. Bernhard Hippler vom Ursulinengymnasium zum neuen Hochschulseelsorger bestellt worden. In einem mühseligen Überzeugungsprozess gelang es ihm im Laufe des ersten Dienstjahres, Bischof Rusch trotz aller Widerstände und Einwände zur Errichtung einer selbständigen Universitätpfarre zu bewegen und damit für die Seelsorge an der Universität, dann auch für die Medizinische Universität und das MCI eine neue und stabile Basis zu schaffen. Beim Akademischen Antrittsgottesdienst im Oktober 1980 wurde er als erster Universitätspfarrer offiziell von Bischof Rusch in sein Amt eingeführt.
Schrittweise entstand ein neues Gemeindezentrum mit der Universitätskapelle St. Clemens, die Kaplanei St. Johannes wurde zur „Neuen Universitätskirche am Innrain“ und 2008 konnte das neue „Bischof-Paulus-Heim“ errichtet werden. Nach 36 Jahren mühsamer Aufbauarbeit legte Msgr. Hippler im Herbst 2015 sein Amt als Universitätspfarrer zurück und wurde mit einem Festakt von der Universität verabschiedet. Seine Nachfolger waren Gernot Wisser SJ und seit 2021 Msgr. Jakob Bürgler.