Universität Innsbruck
Die Sequenzierung des Erbguts hat die Forschung revolutioniert.
Die Sequenzierung des Erbguts hat die Forschung revolutioniert.

DNA­-­Se­quen­zie­rung für Ein­stei­ger und Pro­fis

An der Universität Innsbruck hat ein Team um Sebastian Hupfauf vom Institut für Mikrobiologie ein Softwarepaket für die einfache Analyse von DNA-Sequenzierungsdaten entwickelt. Die frei verfügbare Software soll es auch Einsteigern ermöglichen, solche komplexen Analysen durchzuführen. Nun hat das Entwicklerteam die dritte Version des Softwarepakets veröffentlicht.

Die moderne biologische und medizinische Forschung ist heute ohne die tiefen Einblicke, die durch neue DNA-Sequenzierungstechnologien gewonnen werden, kaum noch denkbar. Diese Technologien wurden ständig verbessert und liefern heute bis zu 20 Milliarden DNA-Sequenzen pro Lauf. Dies ermöglicht es, hochkomplexe biologische Umgebungen wie Darmflora, Bodenproben oder Prozessschlamm aus Biogasreaktoren mit hoher Auflösung zu untersuchen. Dafür bedarf es allerdings auch einer adäquaten Analyse der riesigen Datenmengen. Heute gibt es eine Vielzahl von Softwarepaketen für die Analyse solcher Daten. Die meisten von ihnen setzen jedoch umfangreiche Computerkenntnisse voraus oder erfordern sogar einen Bioinformatik-Spezialisten, um ausgeführt werden zu können. „Aus diesem Grund haben wir CoMA entwickelt, eine besonders intuitive und benutzerfreundliche Software für die Analyse von Sequenzierungsdaten, die auf allen gängigen Computer-Betriebssystemen läuft und auch für Einsteiger zugänglich ist“, erzählt Sebastian Hupfauf. „Gleichzeitig machen zahlreiche Einstellungsmöglichkeiten und ein hoher Automatisierungsgrad CoMA auch für fortgeschrittene Anwender interessant, die eine effiziente und schlanke Datenanalyse suchen“.

Das Softwarepaket nutzt verschiedene Open-Source-Programme von Drittanbietern und kombiniert diese mit eigenen Skripten zu einer linearen Analyse-Pipeline. Das Ergebnis der Auswertungen sind ästhetisch ansprechende und publikationsreife Grafiken, statistische Analysen sowie Ausgabedateien in standardisierten Formaten, die für nachfolgende Analysen verwendet werden können. Damit unterstützt die Software Studierende und Wissenschaftler*innen aller Disziplinen, die mit der Auswertung von DNA-Sequenzen beschäftig sind und hilft, deren Ergebnisse anschaulich darzustellen und einer breiten Öffentlichkeit zugänglich zu machen.

Nun haben die Innsbrucker Wissenschaftler um Sebastian Hupfauf die neueste Version von CoMA (v.3.0.) präsentiert, die verschiedene neue Funktionen bietet und darüber hinaus jetzt in vier verschiedenen Nutzungsoptionen verfügbar und damit noch flexibler einsetzbar ist. Die Software ist frei zugänglich und kann von jedem genutzt werden. Weitere Informationen zu CoMA sowie beispielhafte Grafiken finden sich auf der Produkt-Website.

Links:

    Nach oben scrollen