Die Universitätsleitung besteht aus dem Universitätsrat (seit 2013 unter dem Vorsitz von Christian Smekal), dem Rektorat (seit 2012 Rektor Tilmann Märk und je zwei Vizerektorinnen und Vizerektoren) und dem Senat.

Die operative Leitung liegt beim Rektor, er vertritt die Universität nach außen.

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