Das seit einem Jahrzehnt bewährte Schwerpunktsystem umfasst fünf Forschungsschwerpunkte:

Hinzu kommen vier Forschungsplattformen und 33 Forschungszentren. Die Struktur ist erfolgreich: Mittlerweile stammen 85 Prozent aller Publikationen in international führenden Journalen von Mitgliedern des Schwerpunktsystems, die zudem 3/4 aller Drittmittel der LFU einwerben.