Der zuständige Ordinarius Loewit wurde im Hörsaal mit studentischem Protest konfrontiert:
„Sie haben einen jüdischen Assistenten aufgenommen, die ganze deutsche Studentenschaft Innsbruck ist dadurch beleidigt, Entlassung desselben. (…) Neuerlicher Lärm, Entlassen, jüdische Rasse etc.“
Gegen die gleichzeitig erfolgte Berufung des Augenheilkundlers Stefan Bernheimer machte im Juni 1900 der „akademische Alpenklub“ mittels Eingabe an „den hochlöblichen akademischen Senat“ mobil:
„Der akademische Alpenklub Innsbruck bedauert die Ernennung des jüdischen Professors für Augenheilkunde, Dr. Bernheimer, und erwartet, dass die Professoren unserer Hochschule als deutsche Männer der Gefahr einer Verjudung derselben mit allem Nachdrucke entgegentreten werden.“
Im Windschatten solch antisemitischer Hetzkampagnen konnte sich der Zahnheilkundler Wilhelm Bauer, obwohl er seine Verdienste um die „deutsche Sache“ unter Protest der Innsbrucker Israelitischen Kultusgemeinde betont hatte, im Wintersemester 1924/25 nur mit Mühe habilitieren. Am 29. Jänner 1925 legten Vertreter der Burschenschaften „Brixia“, „Germania“, „Pappenheimer“ und der „Suevia“ dem Senat eine Resolution mit der Ankündigung vor, nichts unversucht zu lassen, „um unsere Universität vor einem jüdischen Lehrer zu bewahren“.
1933 zum Professor der Zahnheilkunde ernannt wurde Bauer nach dem „Anschluss“ im April 1938 wegen „jüdischer Abstammung“ entlassen. Seinen Kindern wurde das Weiterstudium an der Universität Innsbruck verwehrt. Wegen seiner wissenschaftlichen Verdienste konnte Bauer in der Emigration das „Departement of Pathology of St. Louis University of Medicine“ übernehmen. Bauer blieb auch nach Kriegsende bis zu seinem Tod 1956 in den USA.
Bauers Vorgänger an der Innsbrucker Lehrkanzel, Bernhard Mayrhofer, 1933 mit 65 Jahren wegen seiner NS-Nähe aus dem Amt des Rektor magnificus heraus vorzeitig in den Ruhestand versetzt, bejubelte hingegen propagandistisch den Nationalsozialismus als den Wegbereiter einer neuen groß-elitären Innsbrucker „Grenzlanduniversität Süd“. In einem „Brief aus Innsbruck“, der am 30. Juni 1938 in der „Münchener Medizinischen Wochenschrift“ veröffentlicht wurde, schrieb Mayrhofer ganz Adolf Hitler ergeben:
„Dann hörten wir im Radio […] Schuschniggs Abdankung: ‚Ich weiche der Gewalt, Gott schütze Österreich!’ Diesen Schutz hatte aber inzwischen bereits der Führer übernommen.“
Mayrhofer protzte auch damit, dass er als „zu deutsch amtierender Rektor“ der Innsbrucker Universität im Studienjahr 1932/33 unter seiner „Ägide“ eine „große Schlageterfeier“ in der Aula abhalten ließ.