Die Universität Innsbruck ist in der Forschung national und international bestens vernetzt.

Neben Beteiligungen am COMET-Programm (fünf K-Projekte, zwei K1-Zentren und ein K2-Zentrum), an mehreren FWF-Spezialforschungsbereichen (SFB), an vier Nationalen Forschungsnetzwerken (NFN) und in fünf Clustern der Standortagentur Tirol waren an der Universität Innsbruck 2012 auch zwei Christian-Doppler-Laboratorien, ein Laura Bassi Centre of Expertise und ein Ludwig Boltzmann-Institut aktiv.

Darüber hinaus war die Universität Innsbruck auch an drei vom FWF finanzierten Doktoratskollegs (DK) beteiligt.