Forschungsinteressen von Mathias Moosbrugger
- spätmittelalterliche und frühneuzeitliche Kirchen- und Regionalgeschichte (v.a. Bodenseeraum, Westösterreich)
- Radikale Reformation, Konfessionalisierung
- jüngste Theologiegeschichte
- Kulturgeschichte von Schrift und Schriftlichkeit
- Religion und Gewalt, Theologie und Kulturtheorie
- Geschichte der Jesuiten