Erläuterungen, Hilfen und nützliche Links zu Software mit besonderem Bezug auf den Fachbereich Physik der Universität Innsbruck:
Diese Seiten geben einige Dokumente und Hilfen zu Software und zur Nutzung der Universitären Rechnerinfrastruktur. Die Dokumente hier sind nach besten Wissen und Gewissen erstellt. Auch sind sie als "as is" gegeben. Es besteht kein Anspruch auf Vollständigkeit.
Diese Dokumente stellen eine Hilfestellung dar, um eigenes Suchen zu verkürzen. Aber es sind keine Informationen enthalten, welche über die sowieso auch selbst an verschiedenen Stellen gefunden werden könnte. Es ist also nur eine Hilfestellung um Zeit zu sparen. Ich sehe mich aber NICHT als Ausbilder in diesen Dingen.
Daher werden sie nicht "unterstützt" - d.h. ich kann keine darüber hinaus gehenden Tutorials halten. Anfragen zu darüber hinaus gehenden Hilfestellungen werden nicht beantwortet.
Die Linux Command Line ist das wahrscheinlich stärkste Tool, welches man kennen sollte. Viele hier gezeigten Teile sind auch unter MacOS direkt implementiert, aber selbst de PowerShell von Windows übernimmt mehr und mehr davon. Die aktuellen Fassungen sind öffentlich und bei https://linuxcommand.sourceforge.io/tlcl.php immer zu haben. Hier lokale Kopien. Vor allem im neuen Buch (das ist zusätzlich zum ersten Buch - nicht als Neuauflage/Ersatz gedacht) sind Kapitel wie z.B. das starke awk
Kommando, welches viel Arbeit beim Umsortieren von Daten abnehmen kann, gut herausgearbeitet.
- The Linux Command Line (Version 29. Jan 2019)
- Adventures in the Linux Command Line (Version 1. Oktober 2021)
- Zugang von außen zu Unix/LiNUX Systemen an der Universität Innsbruck
Studierenden von Lehrveranstaltungen der Astro- und Teilchenphysik stehen weitere Möglichkeiten mit Ihren Accounts an den Rechnern im Benutzerraum 8/35 des Instituts zur Verfügung. Dazu sind die aktuellen Erläuterungen findet man unter https://www.uibk.ac.at/astro/intranet/rechnerraum/ (Account als Mitglied oder Student der LFUI erforderlich).
- WSL2 für Unix/Linux Programme unter Windows 10 (> 20H1 vom Update April 2020) und Windows 11:
Dies ermöglicht die Installation von LiNUX/Unix Programmen auf der eigenen Windows Maschine. Aber auch der Zugriff auf andere Systeme unter Unix/LiNUX in aller Welt sit damit viel "stressfreier".
WSL2 ersetzt für fast alle Anwendungen für Studierende die früher nötige Installation eines double boot oder eines echten LiNUX wenn Sie ihr Windows am Laptop weiter vorwiegend nützen wollen. Details finden Sie auf offiziellen Dokumentation https://docs.microsoft.com/en-us/windows/wsl/tutorials/gui-apps von Microsoft.
VORSICHT (30.3.2022): Bei Windows 11 Neuinstallationen wird ein komplett "nacktes" System installiert. Das erlaubt nicht einmal alle apt install Pakete um ein stärkeres System zu bekommen. Daher unbedingt einige Schritte nach der Installation:
- Installation mit z.B.
wsl --install -d
Ubuntu
in der PowerShell (und einem reboot des Windows Rechners danach) - Update auf ein aktuelles System mit
wsl
--update
in der PowerShell - reboot des Linux mit
wsl
--shutdown
Diesen letzten Schritt können Sie immer auch nach anderen Installationen, Änderungen oder Problemen innerhalb vom LiNUX machen. Er rebootet NUR das LiNUX. Ihr Windows Rechner ist davon nicht betroffen. - Installation von paketen was auch immer unter Ubuntu LiNUX (aktuell basiert WSL2 auf der 20.04 LTS = Long Time Support) mittels
sudo apt install my_package
Geht für fast alles wirklich stressfrei - Pakete wiegcc
,g++
,ddd
,gdb
,cfitsio
aber aucheso-midas
,grace
,sextractor
...
Mit Kommandos wiescp
und vor allemrsync
kann man sich z.B. super Backup Programme/Scripts/Batches auch für seinen Windows Teil des Laptops basteln, welche nur die jeweils geänderten Bereiche und SubTeile von Dateien kopieren (schauen Sie mal im Netz nach dem UNIX Kommandorsync
- Sie werden danach nie mehr etwas anderes für das Backup verwenden - vor allem nichts wofür Sie zahlen müssen wie z.B. Ashampoo, Synology C2, Aomei, ... aber auch top free tools wie z.B. Duplicati egal ob sie auf eine Netzresource kopieren oder auf eine lokale z.B. USB Disk).
Meine Links zu nützlicher Software speziell für den Bereich der Physik und der Astrophysik:
- Grafische Ausarbeitungen (nur Liniengrafiken) mit Erweiterung eines einfachen spreadsheets zur Manipultion von Daten und der Möglichkeit eines einfachen Fitten (ungewichtete Minimierung der Abstandsquadrate) beliebiger Funktionen. Die erstellten Dateien (vor allem die in EPS für LaTeX Einbindung) sind extrem kompakt im Vergleich zu denen anderen Tools. Auch erlauben die Beschriftungen eine fast LaTeX artige Beschreibung für Sonderzeichen, Hoch- und Tiefstellen etc.
Grace Project: https://plasma-gate.weizmann.ac.il/Grace/
In allen gängigen LiNUX Distributionen kann man es mit sudo apt install grace
, yum install grace
oder dnf install grace
direkt installieren.
- Fitting data with MPFIT:
Original in IDL: https://idlastro.gsfc.nasa.gov/ftp/pro/markwardt/mpfit.pro und Anleitung in https://www.l3harrisgeospatial.com/docs/mpfit.html. Diese stammt aus den ursprünglichen FORTRAN Versionen von MINPAK.
Empfohlene Version (noch vom Originalautor konvertiert und weiter von diesem gepflegt) in C: https://pages.physics.wisc.edu/~craigm/idl/cmpfit.html mit vielen examples
Mehrere (vom Originalautor nicht überprüfte) Konvertierungen in Python: https://cars9.uchicago.edu/software/python/mpfit.html & https://github.com/segasai/astrolibpy/blob/master/mpfit/mpfit.py
- MINPACK - Sammlung von vielen nützlichen und sehr gut getesteter Routinen (in FORTRAN). Die Dokumentation ist auf
https://en.wikipedia.org/wiki/MINPACK verlinkt. Der Download ist am besten von (https://www.netlib.org/minpack/ ) zu erhalten. - Numerical Recipes (http://numerical.recipes/) (in C/C++and FORTRAN) sind immer noch eine Basis für viele Codes und an sich empfehlenswert. Vorsicht - die Nutzung unterliegt NICHT er freien GPL. Codes, welche damit erstellt werden sind ohne kauf von Lizenzen daher nicht zur Weitergabe geeignet. Diese Lizenzen sind aber nicht wirklich teuer.
(https://www.astro.umd.edu/~ricotti/NEWWEB/teaching/ASTR415/InClassExamples/NR3/index.htm
https://www.cec.uchile.cl/cinetica/pcordero/MC_libros/NumericalRecipesinC.pdf) - ESO MIDAS - astronomische Bildverarbeitung (www.eso.org/MIDAS). Aktuelle Version 21FEB
Unter aktuellen Ubuntu Versionen ist die Installation sogar mittelssudo apt install eso-midas
möglich. Nur die Anleitungen muss man sich bei der ESO laden. Diese Originale sind noch in der etwas sperrigen Druckersprache postscript. Daher hier von mir in Adobe PDF umgewandelte Versionen mit der Möglichkeit der Volltextsuche.
Volume A PDF & HTML : Command Language and Data I/O
Volume B PDF & HTML : Concepts and workflows for data reduction in imaging, long slit spectroscopy, Echelle spectroscopy and crowded field photometry.
Volume C: individual commands - Dieser Teil ist seit 1998 nur noch direkt im Programm mittels des help
oder des create/gui help
Befehls jeweils zur Version passend erreichbar.
Vorsicht: Als Beitrittszahlung Finnlands zur ESO wurde ein Python Interface zu den gut getesteten und erfolgreichen MIDAS Routinen erstellt. Aus politischen Gründen (mit dem Teilnehmerland Finnland) weist die Seite nicht darauf hin, dass das Python Interface zu den MIDAS Routinen auf Python 2.3 basiert und seit 2005 (sofort nach dem Erscheinen) nicht mehr gewartet worden ist. Es hatte nie eine Reichweite erzielt und ist Technolgisch heute, da python praktisch jedes Quartal Änderungen erfährt, veraltet und kaum noch nutzbar.
- Extraktion von Quellen in Bildern: SExtractor https://www.astromatic.net/software/sextractor/ und https://sextractor.readthedocs.io/en/latest/Introduction.html . In allen gängigen LiNUX Distributionen kann man es mit
sudo apt install sextractor
,yum install sextractor
oderdnf install sextractor
direkt installieren.